<P>&nbsp;</P><P>I think mpirun n1-11 mdrun -np 11 works in some cases, where n1-11 are nodes on the particular cluster you are running.</P><P>Cheers!<BR><BR><FONT SIZE=2 STYLE=font-size:9pt><B>David van der Spoel &lt;spoel@xray.bmc.uu.se&gt;</B></FONT><BR><FONT SIZE=2 STYLE=font-size:9pt>Sent by: gmx-users-bounces@gromacs.org</FONT><BR><FONT SIZE=2 STYLE=font-size:9pt>06/14/2005 11:09 AM ZE2Please respond toDiscussion list for GROMACS users </FONT><BR><BR> <FONT SIZE=2 STYLE=font-size:9pt>To</FONT> &nbsp; <FONT SIZE=2 STYLE=font-size:9pt>Jeffrey Chua &lt;chuademon@gmail.com&gt;, Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;</FONT><BR> <FONT SIZE=2 STYLE=font-size:9pt>cc</FONT> &nbsp; <BR> <FONT SIZE=2 STYLE=font-size:9pt>bcc</FONT> &nbsp; <BR> <FONT SIZE=2 STYLE=font-size:9pt>Subject</FONT> &nbsp; <FONT SIZE=2 STYLE=font-size:9pt>Re: [gmx-users] Re: Error: mdrun expects it for 1 node</FONT><BR> &nbsp;<BR><BR></P><P><FONT FACE="Monospace,Courier">On Tue, 2005-06-14 at 17:05 +0800, Jeffrey Chua wrote:<BR>&gt; thanks for the reply...<BR>&gt;<BR>&gt; yes, i did do grompp -np 11 since i wanted to do it on 11 nodes but<BR>&gt; when I do mdrun -np 11 -multi it gives back the error message.. how<BR>&gt; can i make mdrun for the 11 nodes?<BR>mpirun -np 11 mdrun<BR></FONT><BR><FONT FACE="Monospace,Courier">&gt;<BR>&gt; thanks again for all the help..<BR>&gt;<BR>&gt; jeff chua<BR>&gt;<BR>&gt; On 6/14/05, David van der Spoel &lt;spoel@xray.bmc.uu.se&gt; wrote:<BR>&gt; &gt; On Tue, 2005-06-14 at 16:49 +0800, Jeffrey Chua wrote:<BR>&gt; &gt; &gt; Thank you &quot;T.A.Wassenaar&quot; for the help.<BR>&gt; &gt; &gt;<BR>&gt; &gt; &gt; I encountered something new. &nbsp;Whenever i try to do an mdrun on 11<BR>&gt; &gt; &gt; nodes (parallel), I get the following message:<BR>&gt; &gt; &gt;<BR>&gt; &gt; &gt; Back Off! I just backed up md.log to ./#md.log.2#<BR>&gt; &gt; &gt; Reading file pepgromp.tpr, VERSION 3.2.1 (double precision)<BR>&gt; &gt; &gt; Fatal error: run input file pepgromp.tpr was made for 11 nodes,<BR>&gt; &gt; &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;while mdrun_d expected it to be for 1 nodes.<BR>&gt; &gt; &gt;<BR>&gt; &gt; &gt; It works fine whenever I make the .tpr file using only 1 node... &nbsp;hope<BR>&gt; &gt; &gt; somebody could explain this to me in very simple terms since im a very<BR>&gt; &gt; &gt; very recent user to linux also.<BR>&gt; &gt; &gt;<BR>&gt; &gt; you have run<BR>&gt; &gt; grompp -np 11<BR>&gt; &gt;<BR>&gt; &gt; &gt; Thanks.<BR>&gt; &gt; &gt;<BR>&gt; &gt; &gt; Jeff Chua<BR>&gt; &gt; &gt; _______________________________________________<BR>&gt; &gt; &gt; gmx-users mailing list<BR>&gt; &gt; &gt; gmx-users@gromacs.org<BR>&gt; &gt; &gt; <A HREF=http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users>http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</A><BR>&gt; &gt; &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<BR>&gt; &gt; &gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<BR>&gt; &gt; --<BR>&gt; &gt; David.<BR>&gt; &gt; ________________________________________________________________________<BR>&gt; &gt; David van der Spoel, PhD, Assoc. Prof., Molecular Biophysics group,<BR>&gt; &gt; Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.<BR>&gt; &gt; Husargatan 3, Box 596, &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;75124 Uppsala, Sweden<BR>&gt; &gt; phone: &nbsp;46 18 471 4205 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;fax: 46 18 511 755<BR>&gt; &gt; spoel@xray.bmc.uu.se &nbsp; &nbsp;spoel@gromacs.org &nbsp; <A HREF=http://xray.bmc.uu.se/~spoel>http://xray.bmc.uu.se/~spoel</A><BR>&gt; &gt; ++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++<BR>&gt; &gt;<BR>&gt; &gt;<BR>&gt; &gt;<BR>&gt; _______________________________________________<BR>&gt; gmx-users mailing list<BR>&gt; gmx-users@gromacs.org<BR>&gt; <A HREF=http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users>http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</A><BR>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<BR>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<BR>--<BR>David.<BR>________________________________________________________________________<BR>David van der Spoel, PhD, Assoc. Prof., Molecular Biophysics group,<BR>Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.<BR>Husargatan 3, Box 596, &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;75124 Uppsala, Sweden<BR>phone: &nbsp;46 18 471 4205 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;fax: 46 18 511 755<BR>spoel@xray.bmc.uu.se &nbsp; &nbsp;spoel@gromacs.org &nbsp; <A HREF=http://xray.bmc.uu.se/~spoel>http://xray.bmc.uu.se/~spoel</A><BR>++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++<BR></FONT><BR><BR><FONT FACE="Monospace,Courier">_______________________________________________<BR>gmx-users mailing list<BR>gmx-users@gromacs.org<BR><A HREF=http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users>http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</A><BR>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<BR>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.</FONT></P>