
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">

<HTML><HEAD>

<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=iso-8859-2">

<META content="MSHTML 6.00.2900.2668" name=GENERATOR>

<STYLE></STYLE>

</HEAD>

<BODY bgColor=#ffffff>

<DIV><FONT face=Arial>

<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-US><FONT 

face="Times New Roman">Thank you for comment.&nbsp; I really don&#8217;t know where 

the problem might be.&nbsp; <BR>I also got very small coulomb SR energies for 

1ns MD of similar system.<BR>Maybe there is some problem with my *.mdp 

file.&nbsp; <BR>Thanks for help.&nbsp;&nbsp; </FONT></SPAN></P>

<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-US><FONT 

size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp; </FONT></SPAN></P>

<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-US><FONT 

size=2>MICHAL</FONT></SPAN></P>

<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-US><FONT 

size=2><BR>title&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=&nbsp; 

morph_opioid_rec_lipid_w_i<BR>cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=&nbsp; 

/lib/cpp<BR>define&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=&nbsp; 

-DFLEX_SPC<BR>constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=&nbsp; 

hbonds<BR>integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=&nbsp; 

md<BR>dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=&nbsp; 0.002&nbsp;; 

<BR>nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=&nbsp; 1000000&nbsp; ; 

<BR>nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=&nbsp; 

10000<BR>nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=&nbsp; 

10000<BR>nstfout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=&nbsp; 

10000<BR>nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=&nbsp; 

1000<BR>nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=&nbsp; 

1000<BR>nstxtcout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=&nbsp; 

1000<BR>nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=&nbsp; 

10<BR>ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=&nbsp; 

grid<BR>rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=&nbsp; 1.0</FONT></SPAN></P>

<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-US><FONT size=2>; 

Method for doing 

VdW<BR>vdw-type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=&nbsp; 

Cut-off<BR>rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=&nbsp; 1.0</FONT></SPAN></P>

<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-US><FONT size=2>; 

Method for doing 

electrostatics<BR>coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=&nbsp; 

PME<BR>rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=&nbsp; 1<BR>fourierspacing&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 

0.12<BR>fourier_nx&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 

0<BR>fourier_ny&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 

0<BR>fourier_nz&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 

0<BR>pme_order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=&nbsp; 4<BR>ewald_rtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=&nbsp; 1e-5<BR>optimize_fft&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 

yes</FONT></SPAN></P>

<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-US><FONT 

size=2></FONT></SPAN>&nbsp;</P><SPAN lang=EN-US><FONT size=2>

<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><BR>; Berendsen temperature 

coupling is on in two 

groups<BR>Tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=&nbsp; berendsen<BR>tc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; DPPC Protein 

DRG&nbsp;&nbsp; SOL 

Cl<BR>tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=&nbsp; 0.1&nbsp;&nbsp; 0.1&nbsp;&nbsp; 0.1&nbsp; 0.1 

0.1<BR>ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=&nbsp; 300&nbsp;&nbsp;&nbsp; 300&nbsp;&nbsp; 300&nbsp;&nbsp; 300 300<BR>; 

Energy 

monitoring<BR>energygrps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=&nbsp; DPPC&nbsp; Protein DRG SOL Cl <BR>; Isotropic pressure coupling is now 

on</P>

<P class=MsoNormal 

style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt">;-----------------------nowe----------------<BR>Pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=&nbsp; 

berendsen<BR>Pcoupltype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

semiisotropic<BR>tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=&nbsp; 10&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp; 

<BR>compressibility&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

4.5e-5<BR>ref_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=&nbsp; 1.0&nbsp; 1.0</P>

<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt">&nbsp;</P>

<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><BR>; Generate velocites is off 

at 300 

K.<BR>;gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=&nbsp; 

yes<BR>gen_temp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=&nbsp; 

300.0<BR>gen_seed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=&nbsp; 

173529<BR>;freezegrps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=&nbsp; C-alpha 

<BR>;freezedim&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=&nbsp; Y Y Y&nbsp;&nbsp; <BR>; Groups for center of mass motion 

removal<BR>comm-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=&nbsp; DPPC&nbsp; Protein DRG SOL Cl<BR>; Mode for center of mass motion 

removal<BR>comm-mode&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=&nbsp; Linear<BR>; Center of mass 

control<BR>nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=&nbsp; 1</P>

<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt">; Periodic boundary 

conditions<BR>pbc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=&nbsp; xyz</FONT></SPAN></P></FONT></DIV></BODY></HTML>