<P>&nbsp;Thanks Tsjerk,</P><P>I used trjconv -f a.pdb -o b.pdb -pbc whole -center, and i selected just micelle to find the geometrical center as input and the whole system as output, and i got micelle right at the center of box(I again used box.huh!).</P><P>Thanks though!</P><P>Sri<BR><BR><FONT SIZE=2 STYLE=font-size:9pt><B>&quot;T.A.Wassenaar&quot; &lt;T.A.Wassenaar@rug.nl&gt;</B></FONT><BR><FONT SIZE=2 STYLE=font-size:9pt>Sent by: gmx-users-bounces@gromacs.org</FONT><BR><FONT SIZE=2 STYLE=font-size:9pt>06/23/2005 09:50 PM ZE2Please respond toDiscussion list for GROMACS users </FONT><BR><BR> <FONT SIZE=2 STYLE=font-size:9pt>To</FONT> &nbsp; <FONT SIZE=2 STYLE=font-size:9pt>Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;</FONT><BR> <FONT SIZE=2 STYLE=font-size:9pt>cc</FONT> &nbsp; <BR> <FONT SIZE=2 STYLE=font-size:9pt>bcc</FONT> &nbsp; <BR> <FONT SIZE=2 STYLE=font-size:9pt>Subject</FONT> &nbsp; <FONT SIZE=2 STYLE=font-size:9pt>Re: [gmx-users] centering DPC micelle</FONT><BR> &nbsp;<BR><BR></P><P><FONT FACE="Monospace,Courier">Hi Sri,<BR></FONT><BR><FONT FACE="Monospace,Courier">There's no such thing as a box! Ah well, maybe there is,<BR>but it is no more than a representation of your system,<BR>and everything in it is relative.<BR></FONT><BR><FONT FACE="Monospace,Courier">Now your problem is in representation. You see the micelle<BR>at the edge of a block of water, and after shifting the<BR>stuff, the micelle is still at the edge of the block of<BR>water. But that's correct. The micelle is now in the<BR>center of the simulation box. To get the water around it<BR>in a nice way, you can use trjconv with -pbc inbox. But<BR>for a simulation it doesn't matter.<BR></FONT><BR><FONT FACE="Monospace,Courier">Cheers,<BR></FONT><BR><FONT FACE="Monospace,Courier">Tsjerk<BR></FONT><BR><FONT FACE="Monospace,Courier">On Thu, 23 Jun 2005 11:06:53 -0400<BR>VISWANADHA SRIDHARA &lt;vsrid001@odu.edu&gt; wrote:</FONT><BR><FONT FACE="Monospace,Courier">&gt; Hi Gmx Users, I am trying to do mdrun with micelle<BR>&gt;solvated in water, I have taken co-ordinates directly<BR>&gt;from Tieleman's website. I found out that the micelle in<BR>&gt;the original .pdb file is near the edge of the simulation<BR>&gt;box. I tried to bring it to center using edit_conf -f<BR>&gt;m65.pdb -o out.pdb -center, but the micelle(65DPC<BR>&gt;molecules) is still at the edge of the box in the output<BR>&gt;file, excepting the co-ordinates have shifted according<BR>&gt;to the dimensions of the box I gave in edit_conf options.<BR>&gt;Am I doing something wrong?What is the best way to bring<BR>&gt;micelle to the center of the box? Thanks in Advance!Sri.<BR>&gt;Graduate Research Assistant,Old Dominion<BR>&gt;University,Norfolk,Va-23529.<BR></FONT><BR><FONT FACE="Monospace,Courier">_______________________________________________<BR>gmx-users mailing list<BR>gmx-users@gromacs.org<BR><A HREF=http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users>http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</A><BR>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<BR>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.</FONT></P>