<P>&nbsp;Hi Gmx Users,</P><P>&nbsp;</P><P>I am trying to do mdrun with micelle solvated in water, I have taken co-ordinates directly from Tieleman's website. I found out that the micelle in the original .pdb file is near the edge of the simulation box. I tried to bring it to center using edit_conf -f m65.pdb -o out.pdb -center, but the micelle(65DPC molecules) is still at the edge of the box in the output file, excepting the co-ordinates have shifted according to the dimensions of the box I gave in edit_conf options. Am I doing something wrong?</P><P>What is the best way to bring micelle to the center of the box? </P><P>Thanks in Advance!</P><P>Sri.</P><P>&nbsp;</P><P>Graduate Research Assistant,</P><P>Old Dominion University,</P><P>Norfolk,Va-23529.</P>