<P>Hi Tsjerk,</P><P>Thanks for the advice. Actually I knew how to do using VMD, but I need to get the index file on a fly( say a trajectory), so its kind of difficult to get index no.s out in a fly using VMD too. Anyways I will try to use Pymol too.</P><P>Thanks. <BR><BR><FONT SIZE=2 STYLE=font-size:9pt><B>&quot;T.A.Wassenaar&quot; &lt;T.A.Wassenaar@rug.nl&gt;</B></FONT><BR><FONT SIZE=2 STYLE=font-size:9pt>Sent by: gmx-users-bounces@gromacs.org</FONT><BR><FONT SIZE=2 STYLE=font-size:9pt>07/01/2005 09:29 PM ZE2Please respond toDiscussion list for GROMACS users </FONT><BR><BR> <FONT SIZE=2 STYLE=font-size:9pt>To</FONT> &nbsp; <FONT SIZE=2 STYLE=font-size:9pt>Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;</FONT><BR> <FONT SIZE=2 STYLE=font-size:9pt>cc</FONT> &nbsp; <BR> <FONT SIZE=2 STYLE=font-size:9pt>bcc</FONT> &nbsp; <BR> <FONT SIZE=2 STYLE=font-size:9pt>Subject</FONT> &nbsp; <FONT SIZE=2 STYLE=font-size:9pt>Re: [gmx-users] Re: make_ndx</FONT><BR> &nbsp;<BR><BR></P><P><FONT FACE="Monospace,Courier">Hi Sri,<BR></FONT><BR><FONT FACE="Monospace,Courier">It is not possible to do this in gromacs. Pymol can make<BR>such selections, but then you need a script to write an<BR>index file from a Pymol selection. If you know a bit of<BR>python that shouldn't be too hard.<BR></FONT><BR><FONT FACE="Monospace,Courier">Hope it helps,<BR></FONT><BR><FONT FACE="Monospace,Courier">Tsjerk<BR></FONT><BR><FONT FACE="Monospace,Courier">On Fri, 1 Jul 2005 09:33:36 -0400<BR>VISWANADHA SRIDHARA &lt;vsrid001@odu.edu&gt; wrote:</FONT><BR><FONT FACE="Monospace,Courier">&gt; Hi GMX users,<BR>&gt;<BR>&gt; I was wondering whether there is any option in make_ndx<BR>&gt;to get the index of<BR>&gt; the atoms(or molecules) as a function of the box<BR>&gt;vectors.<BR>&gt; In other words, can I get the index of the molecules<BR>&gt;separately which are<BR>&gt; 1nm spherical radius in a 3nm cube as an example.(say<BR>&gt;cube's center is the<BR>&gt; sphere's center too).<BR>&gt;<BR>&gt; Thanks in advance,<BR>&gt; Sri<BR>&gt;<BR>&gt; _______________________________________________<BR>&gt; gmx-users mailing list<BR>&gt; gmx-users@gromacs.org<BR>&gt; <A HREF=http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users>http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</A><BR>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list.<BR>&gt;Use the<BR>&gt; www interface or send it to<BR>&gt;gmx-users-request@gromacs.org.<BR></FONT><BR><FONT FACE="Monospace,Courier">_______________________________________________<BR>gmx-users mailing list<BR>gmx-users@gromacs.org<BR><A HREF=http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users>http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</A><BR>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<BR>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.</FONT></P>