<html>

<body>

Hi,<br><br>

I've recently been computing free energies of hydration by

converting<br>

all-atoms in a molecule to non-interacting dummy atoms in water and 

<br>

vacuo.&nbsp; DeltaG hydration then equals the difference between this

free-energy<br>

change in vacuo and this free-energy change in water.&nbsp; I have been

getting good<br>

results (in comparison with experiment) for my hydration free 

energy<br>

calculations using dummy atoms which I define in my .top file.<br><br>

However, I've been trying to set up some alchemical simulations lately

and these<br>

aren't working as well. As you can see in the attached topology file,

I'm<br>

morphing ethane into ethane, which should (obviously) have a net free

energy<br>

change of zero.&nbsp; I'm trying to mimic a study published by David

Pearlman (&quot;A<br>

Comparison of Alternative Approaches to Free Energy Calculations&quot; J.

Phys.<br>

Chem. 1994, 1487-1493).&nbsp; I start with a propane molecule and use

pdb2gmx<br>

to get a .top file.&nbsp; Then I change some atoms to be dummies such

that at lambda <br>

= 0 and 1, only ethane is present additional dummy atoms attached.&nbsp;

The dummy<br>

groups switch from one side of the molecule to the other over the course

of the<br>

simulation.<br><br>

I've been using windows of lambda to estimate dG/dlambda for lambda

between 0<br>

and 1, but unfortunately, my results for dG/dlambda are only roughly, and

not<br>

exactly, symmetric.&nbsp; Also the results are very noisy, even for

simulation times<br>

MUCH longer than reported by Pearlman in his paper (a factor of 1000

longer). <br>

Instead of getting a free energy change of zero I get results between -30

and<br>

30 kJ/mol (depending on implementation details and simulation

time).&nbsp;&nbsp; I get similar<br>

problems in vacuo and water, although transformations in both

environments should<br>

have a deltaG of zero.<br><br>

Is the way I am implementing dummy atoms with OPLS correct?&nbsp; Because

I was<br>

getting OK results for my hydration free energy calculations I thought it

would<br>

be, but maybe there is something I'm doing incorrectly for alchemical

changes?<br><br>

Is there something else I am missing?<br><br>

Thanks very much for your help,<br>

Brian <br><br>

<br>

<pre>;

;<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>File

'ethane_al.top' was generated

;<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>By user:

bstephenson (503)

;<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>At date: Sun

Jul 10 16:46:37 2005

;

;<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>This is your

topology file

;<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>&quot;Shake

Yourself&quot; (YES)

;

; Include forcefield parameters

#include &quot;ffoplsaa.itp&quot;

[ atomtypes ]

;type&nbsp;&nbsp;

mass<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

charge&nbsp;&nbsp;&nbsp; ptype

c6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

c12

DUMH<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>1.008<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

0.0000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp;

0.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0

[ bondtypes ]

HC&nbsp;&nbsp;&nbsp;

DUMH<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>1<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>0.070<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>284512.0

; H to dummy H using CT to H bond distance and potential

[ angletypes ]

&nbsp; DUMH&nbsp;&nbsp; HC<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>

DUMH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;

107.800&nbsp;&nbsp;&nbsp; 276.144&nbsp;&nbsp; ; CHARMM 22 parameter file

for HC CT HC used for dumh h dumh interaction

&nbsp; CT<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>

HC<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>

DUMH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;

110.700&nbsp;&nbsp;&nbsp; 313.800&nbsp;&nbsp; ; CHARMM 22 parameter file

for CT CT HC used for c h dumh interaction

[ dihedraltypes ]

&nbsp; DUMH&nbsp;

HC<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>CT<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>HC<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

0.00000&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;

0.000000&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp; 0.00000 ; hydrocarbon *new*

11/99

&nbsp;

CT<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>CT<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>HC<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>DUMH&nbsp;&nbsp;&nbsp;

3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp;

0.00000&nbsp; 0.000000&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp; 0.00000 ;

hydrocarbon all-atom 

<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>

[ moleculetype ]

; Name&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

nrexcl

ETH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

3

[ atoms ]

;&nbsp;&nbsp; nr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; type&nbsp; resnr

residue&nbsp; atom&nbsp;&nbsp; cgnr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

charge&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mass&nbsp;

typeB&nbsp;&nbsp;&nbsp; chargeB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; massB

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;

opls_135&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;

ETH&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.18&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

12.011&nbsp;&nbsp;

opls_140<x-tab>&nbsp;&nbsp;</x-tab>0.06<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>1.008;

qtot -0.18

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;

opls_140&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;

ETH&nbsp;&nbsp; OH11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1.008&nbsp;&nbsp;

DUMH<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>0.0<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>1.008;

qtot -0.12

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;

opls_140&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;

ETH&nbsp;&nbsp; OH12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1.008&nbsp;&nbsp;

DUMH<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>0.0<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>1.008;

qtot -0.06

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;

opls_140&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;

ETH&nbsp;&nbsp; OH13&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1.008&nbsp;&nbsp;

DUMH<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>0.0<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>1.008;

qtot 0

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;

opls_135&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;

ETH&nbsp;&nbsp;&nbsp; CAA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.18&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

12.011&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.18

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;

opls_140&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;

ETH&nbsp;&nbsp; HAA1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.12

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;

opls_140&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;

ETH&nbsp;&nbsp; HAA2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.06

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;

opls_140&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;

ETH&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1.008&nbsp;&nbsp; opls_135&nbsp; -0.18&nbsp;&nbsp; 12.011; qtot 0

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;

DUMH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp; ETH&nbsp;&nbsp; OH21&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp;

opls_140<x-tab>&nbsp;&nbsp;</x-tab>0.06<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>1.008;

qtot 0

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp;

DUMH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp; ETH&nbsp;&nbsp; OH22&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp;

opls_140<x-tab>&nbsp;&nbsp;</x-tab>0.06<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>1.008;

qtot 0

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;

DUMH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp; ETH&nbsp;&nbsp; OH23&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp;

opls_140<x-tab>&nbsp;&nbsp;</x-tab>0.06<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>1.008;

qtot 0

[ bonds ]

;&nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj

funct&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

c0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

c1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

c2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c3

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 

[ pairs ]

;&nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj

funct&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

c0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

c1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

c2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c3

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 

[ angles ]

;&nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj&nbsp;&nbsp;&nbsp; ak

funct&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

c0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

c1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

c2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c3

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;

10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;

11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;

10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;

11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 

&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;

11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 

[ dihedrals ]

;&nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj&nbsp;&nbsp;&nbsp; ak&nbsp;&nbsp;&nbsp; al

funct&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

c0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

c1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

c2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

c3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

c4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c5

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3 

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3 

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3 

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3 

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3 

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3 

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3 

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3 

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3 

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3 

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3 

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3 

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3 

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3 

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3 

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3 

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3 

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3 

; Include Position restraint file

#ifdef POSRES

#include &quot;posre.itp&quot;

#endif

; Include water topology

#include &quot;spc.itp&quot;

#ifdef POSRES_WATER

; Position restraint for each water oxygen

[ position_restraints ]

;&nbsp; i funct&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

fcx&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

fcy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; fcz

&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1000

#endif

; Include generic topology for ions

#include &quot;ions.itp&quot;

[ system ]

; Name

ETH

[ molecules ]

; Compound&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; #mols

ETH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1

</body>

</html>