<P>Hi GMX users,</P><P>I am trying to get the results of already published journal paper by Tieleman et. al. &quot;Simulation of Pore formation in Lipid Bilayers by Mechanical Stress/ Electric Field&quot;,.</P><P>When I apply a lateral pressure of -200 bar and 1.0 bar in z-direction, the bilayer is not really shrunk even after 5ns simulation(the time step i used is 2fs, and tau_p is 1.0ps). But when I use a time step of 5fs, I can see that the bilayer is shrunk(tau_p is still 1.0ps). why is this happening?</P><P>I used a compressibility of 4.5e-5 in both x/y and z-directions.</P><P>&nbsp;</P><P>So when I continue running my simulation with a time step of 5fs, the bilayer is shrunk and the volume of the system remains to be a constant after the system is in equilibrium(scaling of box-vectors reduced significantly after hundreds of ps, which is obvious).</P><P>I can still not able to duplicate the results( cannot see a pore formation, i used pbc=full), my question now is &quot;does pbc has an effect on this&quot;, there was nothing mentioned about PBC in the journal paper, Will there be any change if i use pbc only in x and y directions, and pbc in all 3 directions. (if i use pbc in x/y, I scaled z-dimension 3 times and used ewald3dc).</P><P>&nbsp;</P><P>Regards.</P><P>Sri.</P>