<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=us-ascii">
<TITLE>Message</TITLE>

<META content="MSHTML 6.00.2900.2180" name=GENERATOR></HEAD>
<BODY><!-- Converted from text/plain format -->
<P><FONT size=2>Hi All<BR><BR>I have a question regarding slow-growth free 
energy simulations using gmx.<BR>I understand dgdl.xvg generated is the 
dG/dlambda-vs-lambda plot and integrating it wrt lambda shoud give the required 
deltaG.<BR><BR>Am wondering why the unit of dG/dl in the generated dgdl.xvg file 
is " kJ/mol/<STRONG>nm^2</STRONG>/lambda " instead of " kJ/mol/lambda " 
?<BR><BR>Does the integrated value need to be multiplied by another factor to 
get the final deltaG ?<BR><BR>Thnx!<BR>Sandeep<BR><BR>ps: am using 
gmx3.2.1<BR><BR>---<BR>Reseach Associate<BR>Computational Biology 
Group<BR>Bioinformatics Institute<BR>Singapore<BR><BR><A 
href="http://www.bii.a-star.edu.sg/~ssomani/">http://www.bii.a-star.edu.sg/~ssomani/</A></FONT> 
</P></BODY></HTML>