
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">

<HTML><HEAD>

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<META content="MSHTML 6.00.2900.2668" name=GENERATOR>

<STYLE></STYLE>

</HEAD>

<BODY bgColor=#ffffff>

<DIV><FONT size=2>Hi all,</FONT></DIV>

<DIV><FONT size=2></FONT>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT size=2>I perform a Essential Dynamics style analysis by using g_covar 

and g_anaeig. I tried to get the extreme structures along one eigenvector. I 

found that if I turn on the "mass weighted analysis" option in g_covar. Then the 

hydrogen coordinates become "nan". And if I turn off that option, the 

coordinates appear again. Is it a resonable result?</FONT></DIV>

<DIV><FONT size=2></FONT>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT size=2>Here is some lines from the extreme structure with "mass 

weighted analysis" option on:(Please notice that except the H2,H3 atoms, all 

other hydrogens have "nan" in the coordinate column.)</FONT></DIV>

<DIV><FONT size=2>#################START######################</FONT></DIV>

<DIV><FONT size=2>HEADER&nbsp;&nbsp;&nbsp; frame t= 

0.000<BR>MODEL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; N&nbsp;&nbsp; 

VAL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.232&nbsp; 

-2.849 -11.279&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

2&nbsp; H1&nbsp; VAL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

nan&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan&nbsp; 1.00&nbsp; 

0.00<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp; H2&nbsp; 

VAL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.866&nbsp; 

-3.002 -11.508&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

4&nbsp; H3&nbsp; VAL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.863&nbsp; -2.561 -11.207&nbsp; 

1.00&nbsp; 0.00<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp; CA&nbsp; 

VAL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.302&nbsp; 

-3.422 -10.577&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

6&nbsp; HA&nbsp; VAL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

nan&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan&nbsp; 1.00&nbsp; 

0.00<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp; CB&nbsp; 

VAL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.316&nbsp; 

-2.463 -10.202&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

8&nbsp; HB&nbsp; VAL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

nan&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan&nbsp; 1.00&nbsp; 

0.00<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp; CG1 

VAL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.743&nbsp; 

-2.446 -11.974&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10 HG11 

VAL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

nan&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan&nbsp; 1.00&nbsp; 

0.00<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11 HG12 VAL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

nan&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan&nbsp; 1.00&nbsp; 

0.00<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12 HG13 VAL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

nan&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan&nbsp; 1.00&nbsp; 

0.00<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13&nbsp; CG2 VAL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.208&nbsp; -0.557&nbsp; -9.777&nbsp; 

1.00&nbsp; 0.00<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14 HG21 

VAL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

nan&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan&nbsp; 1.00&nbsp; 

0.00<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15 HG22 VAL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

nan&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan&nbsp; 1.00&nbsp; 

0.00<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16 HG23 VAL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

nan&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan&nbsp; 1.00&nbsp; 

0.00<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17&nbsp; C&nbsp;&nbsp; 

VAL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.837&nbsp; 

-4.154&nbsp; -9.375&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

18&nbsp; O&nbsp;&nbsp; VAL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.003&nbsp; -3.681&nbsp; -8.681&nbsp; 

1.00&nbsp; 0.00<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19&nbsp; N&nbsp;&nbsp; 

GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.365&nbsp; 

-5.303&nbsp; -9.117&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

20&nbsp; H&nbsp;&nbsp; GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

nan&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan&nbsp; 1.00&nbsp; 

0.00<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 21&nbsp; CA&nbsp; 

GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.066&nbsp; 

-6.149&nbsp; -7.981&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

22&nbsp; HA&nbsp; GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

nan&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan&nbsp; 1.00&nbsp; 

0.00<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 23&nbsp; CB&nbsp; 

GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.094&nbsp; 

-7.592&nbsp; -8.434&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

24&nbsp; HB2 GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

nan&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan&nbsp; 1.00&nbsp; 

0.00<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 25&nbsp; HB3 GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

nan&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan&nbsp; 1.00&nbsp; 

0.00<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 26&nbsp; CG&nbsp; 

GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.403&nbsp; 

-8.470&nbsp; -7.860&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

27&nbsp; HG2 GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

nan&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan&nbsp; 1.00&nbsp; 

0.00<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 28&nbsp; HG3 GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

nan&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan&nbsp; 1.00&nbsp; 

0.00<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 29&nbsp; CD&nbsp; 

GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.325&nbsp; 

-9.763&nbsp; -8.498&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

30&nbsp; OE1 GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1.091 -10.276&nbsp; -8.848&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

31&nbsp; OE2 GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1.498 -10.269&nbsp; -8.683&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

32&nbsp; C&nbsp;&nbsp; GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.017&nbsp; -5.899&nbsp; -6.821&nbsp; 

1.00&nbsp; 0.00<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 33&nbsp; O&nbsp;&nbsp; 

GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.162&nbsp; 

-5.909&nbsp; -6.983&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00</FONT></DIV>

<DIV><FONT 

size=2>##########END##########################################</FONT></DIV>

<DIV><FONT size=2></FONT>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT size=2>Thanks in advance.</FONT></DIV>

<DIV><FONT size=2>Yen</FONT></DIV></BODY></HTML>