<DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT face="Angsana New" size=5><SPAN style="mso-spacerun: yes">Dear all,</SPAN></FONT></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT face="Angsana New" size=5><SPAN style="mso-spacerun: yes"></SPAN></FONT>&nbsp;</P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT face="Angsana New" size=5><SPAN style="mso-spacerun: yes">I've run MD&nbsp;500,000 steps (1000 ps). After the job&nbsp;ceased, i took the last configuration of structure (file: &nbsp;structure.gro), and ran MD more&nbsp;with the same input file. But i don't understand that why the properties of the&nbsp;last step of first MD&nbsp;is not equal to the zeroth step of the second MD. Below is the MD results of 1st MD and 2nd MD, respectively. And my MD paramerter file is as follow.</SPAN></FONT></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT face="Angsana New" size=5><SPAN style="mso-spacerun: yes"></SPAN></FONT>&nbsp;</P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT face="Angsana New" size=5><SPAN style="mso-spacerun: yes">Best regards</SPAN></FONT></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT face="Angsana New" size=5><SPAN style="mso-spacerun: yes">Chiloo</SPAN></FONT></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT face="Angsana New" size=4><SPAN style="mso-spacerun: yes">--------------------------------------------------------</SPAN></FONT></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><I><FONT face="Angsana New"><STRONG><FONT size=4><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>Step<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>Time<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>Lambda<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>Annealing<?xml:namespace prefix = o ns = "urn:schemas-microsoft-com:office:office" /><o:p></o:p></FONT></STRONG></FONT></I></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><I><FONT face="Angsana New"><STRONG><FONT size=4><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>500000<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>1000.00006<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>0.00000<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>1.00000<o:p></o:p></FONT></STRONG></FONT></I></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT face="Angsana New"><FONT size=3><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp; </SPAN>Rel. Constraint Deviation:<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>Max<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>between atoms<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>RMS<o:p></o:p></FONT></FONT></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT face="Angsana New"><FONT size=3><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>Before LINCS<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>0.067623<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>241<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>242<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp; </SPAN>0.003032<o:p></o:p></FONT></FONT></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT face="Angsana New"><FONT size=3><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>After LINCS<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>0.000132<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>632<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>635<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp; </SPAN>0.000012<o:p></o:p></FONT></FONT></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT face="Angsana New"><FONT size=3><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp; </SPAN>Energies (kJ/mol)<o:p></o:p></FONT></FONT></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT face="Angsana New"><FONT size=3><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>Angle<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>Proper Dih. Ryckaert-Bell.<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN><SPAN lang=PT-BR style="mso-ansi-language: PT-BR">Improper Dih.<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>LJ-14<o:p></o:p></SPAN></FONT></FONT></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=PT-BR style="mso-ansi-language: PT-BR"><FONT face="Angsana New"><FONT size=3><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>1.07364e+04<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>2.52571e+03<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>4.13630e+03<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>7.58160e+02<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>3.73031e+03<o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT face="Angsana New"><FONT size=3><SPAN lang=PT-BR style="mso-ansi-language: PT-BR"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN></SPAN>Coulomb-14<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>LJ (SR)<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp; </SPAN>Coulomb (SR)<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp; </SPAN>Coulomb (LR)<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>Potential<o:p></o:p></FONT></FONT></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT face="Angsana New"><FONT size=3><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN><SPAN lang=PT-BR style="mso-ansi-language: PT-BR">1.98057e+04<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>6.58396e+02<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp; </SPAN>-2.04387e+05<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp; </SPAN>-1.00879e+05<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp; </SPAN>-2.62915e+05<o:p></o:p></SPAN></FONT></FONT></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT face="Angsana New"><FONT size=3><SPAN lang=PT-BR style="mso-ansi-language: PT-BR"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>Kinetic En.<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp; </SPAN></SPAN>Total Energy<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>Temperature Pressure (bar)<o:p></o:p></FONT></FONT></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT face="Angsana New"><FONT size=3><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;</SPAN><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp; </SPAN>4.09683e+04<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp; </SPAN>-2.21947e+05<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>3.10246e+02<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>1.66980e+02</FONT></FONT></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><I><FONT face="Angsana New"><FONT size=3><SPAN style="mso-spacerun: yes">-----------------------------------------------------------------&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</SPAN></FONT></FONT></I></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><I><FONT face="Angsana New"><FONT size=3><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp; </SPAN></FONT><FONT size=4><STRONG>Step<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>Time<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>Lambda<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>Annealing<o:p></o:p></STRONG></FONT></FONT></I></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><I><FONT face="Angsana New"><FONT size=4><STRONG><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>0<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>0.00000<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>0.00000<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>1.00000<o:p></o:p></STRONG></FONT></FONT></I></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT face="Angsana New"><FONT size=3><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp; </SPAN>Rel. Constraint Deviation:<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>Max<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>between atoms<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>RMS<o:p></o:p></FONT></FONT></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT face="Angsana New"><FONT size=3><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>Before LINCS<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>0.067893<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>241<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>242<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp; </SPAN>0.003031<o:p></o:p></FONT></FONT></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT face="Angsana New"><FONT size=3><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;</SPAN>After LINCS<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>0.000118<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>632<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>635<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp; </SPAN>0.000011<o:p></o:p></FONT></FONT></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT face="Angsana New"><FONT size=3><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp; </SPAN>Energies (kJ/mol)<o:p></o:p></FONT></FONT></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT face="Angsana New"><FONT size=3><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>Angle<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>Proper Dih. Ryckaert-Bell.<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN><SPAN lang=PT-BR style="mso-ansi-language: PT-BR">Improper Dih.<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>LJ-14<o:p></o:p></SPAN></FONT></FONT></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=PT-BR style="mso-ansi-language: PT-BR"><FONT face="Angsana New"><FONT size=3><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>1.07468e+04<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>2.52814e+03<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>4.13693e+03<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>7.53671e+02<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>3.72928e+03<o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT face="Angsana New"><FONT size=3><SPAN lang=PT-BR style="mso-ansi-language: PT-BR"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN></SPAN>Coulomb-14<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>LJ (SR)<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp; </SPAN>Coulomb (SR)<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp; </SPAN>Coulomb (LR)<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>Potential<o:p></o:p></FONT></FONT></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT face="Angsana New"><FONT size=3><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN><SPAN lang=PT-BR style="mso-ansi-language: PT-BR">1.98088e+04<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>6.62636e+02<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp; </SPAN>-2.04375e+05<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp; </SPAN>-1.00878e+05<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp; </SPAN>-2.62887e+05<o:p></o:p></SPAN></FONT></FONT></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT face="Angsana New"><FONT size=3><SPAN lang=PT-BR style="mso-ansi-language: PT-BR"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>Kinetic En.<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp; </SPAN></SPAN>Total Energy<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>Temperature Pressure (bar)<o:p></o:p></FONT></FONT></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT face="Angsana New"><FONT size=3><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN><SPAN lang=PT-BR style="mso-ansi-language: PT-BR">4.09659e+04<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp; </SPAN>-2.21921e+05<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>3.10227e+02<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>2.53964e+02<o:p></o:p></SPAN></FONT></FONT></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=PT-BR style="mso-ansi-language: PT-BR"><FONT face="Angsana New"><FONT size=3><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>Step<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>Time<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>Lambda<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>Annealing<o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT face="Angsana New"><FONT size=3><SPAN lang=PT-BR style="mso-ansi-language: PT-BR"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN></SPAN>1<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>0.00200<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>0.00000<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>1.00000</FONT></FONT></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><FONT face="Angsana New" size=3>-----------------------------------------</FONT></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt">title&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = M2 in dmPC<BR>cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; /lib/cpp<BR>constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; all-bonds<BR>integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; md<BR>dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.002&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; ps !<BR>nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 500000&nbsp;&nbsp; ; total 1000 ps = 1 ns !<BR>nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1<BR>nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 250<BR>nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;
 1000<BR>nstfout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0<BR>nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 100<BR>nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 100<BR>nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 10<BR>ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; grid<BR>rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.2<BR>coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; PME<BR>rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.2<BR>rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.2<BR>pbc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; xyz<BR>; Berendsen temperature
 coupling is on in two groups<BR>Tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; berendsen<BR>tc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; Protein&nbsp; DMPC&nbsp; SOL&nbsp; Na<BR>tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1&nbsp;&nbsp; 0.1&nbsp; 0.1<BR>ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 310&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 310&nbsp;&nbsp; 310&nbsp; 310<BR>; Energy monitoring<BR>energygrps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; Protein&nbsp; DMPC&nbsp; SOL&nbsp; Na<BR>; Isotropic pressure coupling is now on<BR>Pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; berendsen<BR>Pcoupltype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =
 isotropic<BR>tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.0<BR>compressibility&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 4.5e-5<BR>ref_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.0<BR>; Generate velocites is off at 300 K.<BR>gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; no<BR>gen_temp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 310.0<BR></P></DIV><p>__________________________________________________<br>Do You Yahoo!?<br>Tired of spam?  Yahoo! Mail has the best spam protection around <br>http://mail.yahoo.com