Hi Gmx Users, <br>
I am running MD simulation of DPPC bilayer, but I am encountering a problem which I never did in the past.<br>
This is how my log file is:<br>
<br>
There are 22984 atoms in your xtc output selection<br>
Large VCM(group rest):&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
0.00311,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
-0.00620,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00498, ekin-cm:&nbsp;
3.63108e+00<br>
Long Range LJ corr. to Epot:&nbsp;&nbsp; -3719.28, Pres:&nbsp;&nbsp; -383.295, Vir:&nbsp;&nbsp;&nbsp; 22315.7<br>
&nbsp;&nbsp; Energies (kJ/mol)<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
Bond&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
Angle&nbsp;&nbsp;&nbsp; Proper Dih. Ryckaert-Bell.&nbsp; Improper Dih.<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.49461e+04&nbsp;&nbsp;&nbsp;
4.34800e+04&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.16909e+03&nbsp;&nbsp;&nbsp;
7.91665e+03&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.05211e+03<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
LJ-14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
Coulomb-14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ
(SR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ (LR)&nbsp; Disper.
corr.<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6.90275e+10&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1.21581e+04&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
nan&nbsp;&nbsp; -1.57574e+03&nbsp;&nbsp; -3.71928e+03<br>
&nbsp;&nbsp; Coulomb (SR)&nbsp;&nbsp; Coulomb
(LR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Potential&nbsp;&nbsp;&nbsp; Kinetic
En.&nbsp;&nbsp; Total Energy<br>
&nbsp;&nbsp; -2.20505e+05&nbsp;&nbsp;
-1.36673e+05&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
nan&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
nan&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
nan<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; Temperature Pressure (bar)<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
nan&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
nan<br>
<br>
&nbsp;I am not able to understand why LJ(SR) and other terms are nan.<br>
Anyone has suggestions on this??<br>
<br>
Thanks in Advance and Best Regards,<br>
-V<br>