<DIV>Dear All,</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>How can&nbsp;i countinue&nbsp;the running&nbsp;of&nbsp;next MD&nbsp;with the last configuration of previous MD (i use&nbsp;the Gromacs version 3.1.1).&nbsp;if I ran MD 1000 ps already, and&nbsp;i'd like to run&nbsp;more 1000 ps with the&nbsp;last configuration of the&nbsp;previous MD&nbsp;&nbsp;(so,&nbsp;the last configuration&nbsp;(.gro file )at 1000ps&nbsp;of&nbsp;the&nbsp;previous MD&nbsp;is&nbsp;the same as the&nbsp;1st configuration&nbsp;at 0 ps&nbsp;of&nbsp;the next MD, that's right?)</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>I tried to use normal step to run the next MD, but the velocity&nbsp;seems not to be the same.</DIV>
<DIV>this is&nbsp;my brief procedure:</DIV>
<DIV>-extract the configuration at 1000 ps&nbsp;of previous MD: trjconv -f traj.trr -s md.tpr -o md-1000.gro -b 1000</DIV>
<DIV>-use grompp to prepare the new file.tpr: grompp -f md.mdp -c md-1000.gro -p top.top -o md2.tpr</DIV>
<DIV>-run MD: mdrun -s md2.tpr -o traj.trr -c pmd2.gro -g md2.log -e md2.edr &amp;</DIV>
<DIV>Please check it for me, what's wrong ?</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Best regards,</DIV>
<DIV>Chiloo</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;&nbsp;</DIV><p>__________________________________________________<br>Do You Yahoo!?<br>Tired of spam?  Yahoo! Mail has the best spam protection around <br>http://mail.yahoo.com