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<div class=Section1>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 color=black face="Times New Roman"><span
style='font-size:12.0pt;color:black'>Dear Colleague:<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 color=black face="Times New Roman"><span
style='font-size:12.0pt;color:black'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<pre><font size=3 color=black face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt;font-family:"Times New Roman";color:black'>When I try to run <span
class=SpellE>Gromacs</span> 3.2.1 on supercomputer with multiprocessor, <span
class=GramE><span style='mso-bidi-font-style:italic'>After</span></span><span
style='mso-bidi-font-style:italic'> I launch the simulation using 6 processors or more it doesn't work. The odd thing is that it doesn't exit with errors, but it waits for data which never arrive. Finally report the error about <span
class=GramE>Timeout<span style='mso-spacerun:yes'>&nbsp; </span><span
class=SpellE>ect</span></span>.<o:p></o:p></span></span></font></pre><pre><font
size=3 color=black face="Times New Roman"><span style='font-size:12.0pt;
font-family:"Times New Roman";color:black;mso-bidi-font-style:italic'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></pre><pre><i><font
size=3 color=black face="Times New Roman"><span style='font-size:12.0pt;
font-family:"Times New Roman";color:black;font-style:italic'>/opt/<span
class=SpellE>mpich/gnu/bin/mpirun</span> -<span class=SpellE>np</span> 6 -<span
class=SpellE>nolocal</span> -<span class=SpellE>machinefile</span> machines <span style='mso-spacerun:yes'>&nbsp;</span>/<span
class=SpellE>usr/local/bin/mdrun_mpi</span> -<span class=SpellE>np</span> 6 -v<o:p></o:p></span></font></i></pre><pre><span
class=GramE><i><font size=3 color=black face="Times New Roman"><span
style='font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman";color:black;font-style:
italic'>and</span></font></i></span><i><font size=3 color=black
face="Times New Roman"><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman";
color:black;font-style:italic'> the output is something like<o:p></o:p></span></font></i></pre><pre><i><font
size=3 color=black face="Times New Roman"><span style='font-size:12.0pt;
font-family:"Times New Roman";color:black;font-style:italic'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></i></pre><pre><span
class=GramE><i><font size=3 color=black face="Times New Roman"><span
style='font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman";color:black;font-style:
italic'>starting</span></font></i></span><i><font size=3 color=black
face="Times New Roman"><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman";
color:black;font-style:italic'> <span class=SpellE>mdrun</span> 'Generated by <span
class=SpellE>genbox</span>'<o:p></o:p></span></font></i></pre><pre><span
class=GramE><i><font size=3 color=black face="Times New Roman"><span
style='font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman";color:black;font-style:
italic'>100 steps,<span style='mso-spacerun:yes'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>0.2 <span
class=SpellE>ps</span>.</span></font></i></span><i><font size=3 color=black
face="Times New Roman"><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman";
color:black;font-style:italic'><o:p></o:p></span></font></i></pre><pre><span
class=GramE><i><font size=3 color=black face="Times New Roman"><span
style='font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman";color:black;font-style:
italic'>and</span></font></i></span><i><font size=3 color=black
face="Times New Roman"><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman";
color:black;font-style:italic'>, after some time, it writes out<o:p></o:p></span></font></i></pre>

<p class=MsoNormal><i><font size=3 color=black face="Times New Roman"><span
style='font-size:12.0pt;color:black;font-style:italic'>p4_1636:<span
style='mso-spacerun:yes'>&nbsp; </span>p4_error: Timeout in establishing
connection to remote process:</span></font></i><font color=black><span
style='color:black'><o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 color=black face="Times New Roman"><span
style='font-size:12.0pt;color:black'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 color=black face="Times New Roman"><span
style='font-size:12.0pt;color:black'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<pre><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:12.0pt;
font-family:"Times New Roman"'>I search the mailing list, the same issue that has been reported on mailing list on 2004-10-18 by <span
class=SpellE>gianluca</span> <span class=SpellE>santarossa</span> titled as: &#8220;<span
class=SpellE>md</span> using <span class=SpellE>mpich</span>&#8221;.<o:p></o:p></span></font></pre><pre><font
size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman"'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></pre><pre><font
size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman";
mso-bidi-font-weight:bold'>David van <span class=SpellE>der</span> <span
class=SpellE><span class=GramE>Spoel</span></span><span class=GramE> &#8216;s</span> reply indicate that<b><span
style='font-weight:bold'> &#8220;</span></b></span></font><font size=3
face="Times New Roman"><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman"'>there is a problem in <span
class=SpellE>mpich</span> that makes that jobs never end, it has to do with interaction between MPI and grid software. There is a workaround in the CVS code that will shortly be released in beta.&#8221; I am wondering whether current public <span
class=GramE>version of 3.2.1 have</span> solved this problem, the error comes from the MPI installation.<span style='mso-spacerun:yes'>&nbsp; </span>Or need to download special patch for this.<o:p></o:p></span></font></pre><pre><font
size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman"'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></pre><pre><font
size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman"'>Thank you very much,<o:p></o:p></span></font></pre><pre><font
size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman"'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></pre><pre><font
size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman"'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></pre><pre><font
size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman"'>Yuhua<o:p></o:p></span></font></pre><pre><font
size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman"'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></pre><pre><font
size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman"'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></pre><pre><font
size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman"'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></pre><pre><font
size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman"'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></pre>

<p class=MsoNormal><font size=3 color=black face="Times New Roman"><span
style='font-size:12.0pt;color:black'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

</div>

<p class=MsoNormal><i><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:
10.0pt;font-family:"Courier New";font-style:italic'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></i></p>

</div>

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</html>