<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN"><HTML DIR=ltr><HEAD><META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=iso-8859-1"></HEAD><BODY><DIV><FONT color=#000000 size=2 ><FONT 
face=Arial>I am attempting to run multiple copies of a peptide which I have cut 
out&nbsp;from beta lactoglobulin. I have been told that the correct way off 
running multiple copies of a molecules is to utilise the genconf command with 
the number of copies I wish to use provided as an argument to the n box 
parameter</FONT></FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Howeever when I run grompp on the outputted 
conf.gro file&nbsp; I get this message</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2><SPAN 
style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: Arial; mso-fareast-font-family: 'Times New Roman'; mso-ansi-language: EN-GB; mso-fareast-language: EN-GB; mso-bidi-language: AR-SA"></SPAN></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>processing coordinates...<BR>double-checking input 
for internal consistency...<BR>ERROR: One of the box vectors is shorter than 
twice the cut-off length. Increase<BR>&nbsp;the box size or decrease 
rlist.<BR>Velocities were taken from a Maxwell distribution at 500 K<BR>There 
were 4 warnings<BR>Fatal error: There was 1 error</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>However altering the rllist value in the mdp file 
or changing the box size has absolutely no effect</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Thanking you in advance</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Saif</FONT></DIV></BODY></HTML>