<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
<head>
  <meta content="text/html;charset=ISO-8859-1" http-equiv="Content-Type">
  <title></title>
</head>
<body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
Kai Zhuang wrote:
<blockquote cite="mid66c8725f05081206342784444f@mail.gmail.com"
 type="cite">
  <pre wrap="">#include "A.top"        //itp shall be the correct suffix
#ifdef POSRES_A         //define them separatedly
#include "A_posre.itp"
#endif

#include "B.top"
#ifdef POSRES_B
#include "B_posre.itp"
#endif

ya you're right, 
should define them seperately since you're going to be putting
restrain on only one of them.
would suffix "top" not work? i actually did use itp in my system, but
i didn't think there's any real difference between itp and top suffix
and they're treated the same.
  </pre>
</blockquote>
The reason why separating them is <b>*not* </b>because "putting
restrain on only one of them". But because [ position_restrains ]
section is part of molecular defition, which should be followed after
the [ moleculetype ], [ atoms ] and other sections. The C preposessor
used by grompp has done the magic to provide the flexibility of using
#include. If cpp is not around, you should have everything for one
molecule together.<br>
<br>
The suffix does not matter the processing. But for molecular defintion,
itp is the right name to go with.<br>
<br>
<blockquote cite="mid66c8725f05081206342784444f@mail.gmail.com"
 type="cite">
  <pre wrap="">
On 8/12/05, Yang Ye <a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:leafyoung81-group@yahoo.com">&lt;leafyoung81-group@yahoo.com&gt;</a> wrote:
  </pre>
  <blockquote type="cite">
    <pre wrap=""> Kai Zhuang wrote: 
 i did this when i was working on a similar system:

create 2 pdb filies (1 DNA, 1 nanotube), call it A.pdb, B.pdb
do pdb2gmx twice, get 2 gro files, 2 top files, 2 posre.itp files.
cat the 2 gro files together, edit the file, fix the atom number
manually. call it C.gro
create a new top file that connects the four topology files together,
call it C.top

#include "A.top"
#include "B.top"

#ifdef POSRES
#include "A_posre.itp"
#include "B_posre.itp"
#endif
 
 I don't feel this alright. position_restrains section shall be part of the
molecular defintion.
 
 #include "A.top" //itp shall be the correct suffix
#ifdef POSRES_A //define them separatedly
#include "A_posre.itp"
#endif

#include "B.top"
#ifdef POSRES_B
#include "B_posre.itp"
#endif

 in md.mdp, you can make a selection for -DPOSRES_A, or -DPOSRES_B, or both.
 
 look at A.top and B.top, any overlapping declarations, put them in C.top.
basically, you want to strip A.top and B.top to just the information
about the atoms.
leave the A_posre.top and B_posre.top be.

should work.

On 8/11/05, Bob Johnson <a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:robertjo@physics.upenn.edu">&lt;robertjo@physics.upenn.edu&gt;</a> wrote:
 
 
 Hello,
I am studying the interactions between single stranded DNA and a carbon
nanotube. I am using the Amber force field for the DNA molecule. When the
two
systems (dna and nanotube) are brought together, the nanotube is severely
deformed by the presence of the dna. I wanted to try restraining the
positions
of the nanotube since it is probable that the nanotube structure remains the
same upon insertion of a dna molecule. How would I format the posre.itp
file?
Do I specify the coordinates of all the nanotube carbon atoms along with a
force constant? I'm unsure of the syntax.
Thanks,
Bob Johnson
_______________________________________________
gmx-users mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a>
Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the
www interface or send it to <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.

 
 
 Regards, 
_______________________________________________
gmx-users mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a>
Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the
www interface or send it to <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.


    </pre>
  </blockquote>
  <pre wrap=""><!---->

  </pre>
</blockquote>
</body>
</html>