
<HTML><HEAD><TITLE>Mail</TITLE>


<META content="KsDHTMLEDLib.ocx, FreeWare HTML Editor 1.159.7, ?Kurt Senfer" 


name=GENERATOR>


<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=GB2312"></HEAD>


<BODY style="FONT-SIZE: 9pt; FONT-FAMILY: ثخجه" leftMargin=5 topMargin=5>


<DIV><%--AID_SENDTO_BEGIN--%>GROMACS Mailing List<%--AID_SENDTO_END--%> 


<DIV>hi users:</DIV>


<DIV>&nbsp;</DIV>


<DIV>what is a segmentation fault?</DIV>


<DIV>i think there must be some erros in the run parameters.</DIV>


<DIV>who can tell me the where and why?&nbsp;</DIV>


<DIV>i want to simulate the process to pull the dickerson DNA (i get it from 


http:\\folding.stanford.edu\ffamber)<%--AID_SENDTO_BEGIN--%></DIV>


<DIV>there is my mdrun.mdp</DIV>


<DIV>; RUN CONTROL 


PARAMETERS<BR>integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


= md<BR>; Start time and timestep in 


ps<BR>tinit&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


= 


0<BR>dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


= 


0.003<BR>nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


= 50000<BR>; For exact run continuation or redoing part of a 


run<BR>init_step&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


= 0<BR>; mode for center of mass motion 


removal<BR>comm-mode&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


= None<BR>; number of steps for center of mass motion 


removal<BR>nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


= 1<BR>; group(s) for center of mass motion 


removal<BR>comm-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


= </DIV>


<DIV>; LANGEVIN DYNAMICS OPTIONS<BR>; Temperature, friction coefficient (amu/ps) 


and random 


seed<BR>bd-temp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


= 


300<BR>bd-fric&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


= 


0<BR>ld-seed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


= 1993</DIV>


<DIV>; ENERGY MINIMIZATION OPTIONS<BR>; Force tolerance and initial 


step-size<BR>emtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


= 


10<BR>emstep&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


= 0.01<BR>; Max number of iterations in 


relax_shells<BR>niter&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


= 20<BR>; Step size (1/ps^2) for minimization of flexible 


constraints<BR>fcstep&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


= 0<BR>; Frequency of steepest descents steps when doing 


CG<BR>nstcgsteep&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


= 


1000<BR>nbfgscorr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


= 10</DIV>


<DIV>; OUTPUT CONTROL OPTIONS<BR>; Output frequency for coords (x), velocities 


(v) and forces 


(f)<BR>nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


= 


0<BR>nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


= 


0<BR>nstfout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


= 0<BR>; Checkpointing helps you continue after 


crashes<BR>nstcheckpoint&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


= 1000<BR>; Output frequency for energies to log file and energy 


file<BR>nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


= 


100<BR>nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


= 100<BR>; Output frequency and precision for xtc 


file<BR>nstxtcout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


= 


100<BR>xtc-precision&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


= 1000<BR>; This selects the subset of atoms for the xtc file. You can<BR>; 


select multiple groups. By default all atoms will be 


written.<BR>xtc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


= Protein&nbsp;&nbsp;&nbsp; NA+<BR>; Selection of energy 


groups<BR>energygrps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


= Protein&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; NA+&nbsp;&nbsp;&nbsp;SOL</DIV>


<DIV>; NEIGHBORSEARCHING PARAMETERS<BR>; nblist update 


frequency<BR>nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


= 10<BR>; ns algorithm (simple or 


grid)<BR>ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


= grid<BR>; Periodic boundary conditions: xyz (default), no (vacuum)<BR>; or 


full (infinite systems 


only)<BR>pbc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


= xyz<BR>; nblist cut-off&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


<BR>rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


= 1.0<BR>domain-decomposition&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = no</DIV>


<DIV>; OPTIONS FOR ELECTROSTATICS AND VDW<BR>; Method for doing 


electrostatics<BR>coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


= PME<BR>rcoulomb-switch&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 


0<BR>rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


= 1.0<BR>; Dielectric constant (DC) for cut-off or DC of reaction 


field<BR>epsilon-r&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


= 1<BR>; Method for doing Van der 


Waals<BR>vdw-type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


= Cut-off<BR>; cut-off lengths&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


<BR>rvdw-switch&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


= 


0<BR>rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


= 1.0<BR>; Apply long range dispersion corrections for Energy and 


Pressure<BR>DispCorr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


= No<BR>; Extension of the potential lookup tables beyond the 


cut-off<BR>table-extension&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


= 1<BR>; Spacing for the PME/PPPM FFT 


grid<BR>fourierspacing&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


= 0.12<BR>; FFT grid size, when a value is 0 fourierspacing will be 


used<BR>fourier_nx&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


= 


0<BR>fourier_ny&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


= 


0<BR>fourier_nz&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


= 0<BR>; EWALD/PME/PPPM 


parameters<BR>pme_order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


= 


4<BR>ewald_rtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


= 


1e-05<BR>ewald_geometry&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


= 3d<BR>epsilon_surface&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 


0<BR>optimize_fft&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


= no</DIV>


<DIV>tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


= No</DIV>


<DIV>Pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


= no</DIV>


<DIV>; OPTIONS FOR BONDS&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


<BR>constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


= none<BR>; Type of constraint 


algorithm<BR>constraint-algorithm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Lincs<BR>; Do not 


constrain the start 


configuration<BR>unconstrained-start&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = no<BR>; Use 


successive overrelaxation to reduce the number of shake 


iterations<BR>Shake-SOR&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


= no<BR>; Relative tolerance of 


shake<BR>shake-tol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


= 1e-04<BR>; Highest order in the expansion of the constraint coupling 


matrix<BR>lincs-order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


= 4<BR>; Number of iterations in the final step of LINCS. 1 is fine for<BR>; 


normal simulations, but use 2 to conserve energy in NVE runs.<BR>; For energy 


minimization with constraints it should be 4 to 


8.<BR>lincs-iter&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


= 1<BR>; Lincs will write a warning to the stderr if in one step a bond<BR>; 


rotates over more degrees 


than<BR>lincs-warnangle&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 


30<BR>; Convert harmonic bonds to morse 


potentials<BR>morse&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


= no</DIV>


<DIV>; Non-equilibrium MD 


stuff<BR>acc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


= 


<BR>accelerate&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


= 


<BR>freezegrps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


= 


a_189_568<BR>freezedim&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


= Y Y Y<BR>cos-acceleration&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 


0</DIV>


<DIV><%--AID_EDIT_ATTACHMENT_BEGIN--%>thanks </DIV>


<DIV><A 


href="mailto:<%--AID_FROMADDRESS_BEGIN--%>qi-wenpeng@mail.sdu.edu.cn<%--AID_FROMADDRESS_END--%>"><%--AID_FROMADDRESS_BEGIN--%>qi-wenpeng@mail.sdu.edu.cn<%--AID_FROMADDRESS_END--%></A></DIV>


<DIV>2005-8-14 </DIV></DIV></BODY></HTML>