<DIV>
<DIV>Dear all,</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>As you suggested, to use Gromacs 3.2.1 for continuing trajectory. It seems to be good that all the energies and some properties are equal, except pressure. You can see below that i mark the pressure value. Is it significant ? and how can i do to adjust the pressure&nbsp;which will be equal as the other properties.&nbsp;(And the next is my input file that i use) &nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV><STRONG><U>the previous file</U></STRONG></DIV>
<DIV>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Step&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Lambda<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 500000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1000.00006&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000</DIV>
<DIV>&nbsp;&nbsp; Rel. Constraint Deviation:&nbsp; Max&nbsp;&nbsp;&nbsp; between atoms&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; RMS<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Before LINCS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.080067&nbsp; 14445&nbsp; 14446&nbsp;&nbsp; 0.025450<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; After LINCS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000122&nbsp;&nbsp;&nbsp; 404&nbsp;&nbsp;&nbsp; 407&nbsp;&nbsp; 0.000008</DIV>
<DIV>&nbsp;&nbsp; Energies (kJ/mol)<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Angle&nbsp;&nbsp;&nbsp; Proper Dih. Ryckaert-Bell.&nbsp; Improper Dih.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ-14<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.00835e+04&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.56519e+03&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.14071e+03&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.06361e+02&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.94693e+03<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Coulomb-14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ (SR)&nbsp;&nbsp; Coulomb (SR)&nbsp;&nbsp; Coulomb (LR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Potential<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.95655e+04&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.31344e+03&nbsp;&nbsp; -2.14504e+05&nbsp;&nbsp; -1.01600e+05&nbsp;&nbsp; -2.63682e+05<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Kinetic En.&nbsp;&nbsp; Total Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp; Temperature <STRONG><EM><U>Pressure (bar)<BR></U></EM></STRONG>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.58780e+04&nbsp;&nbsp; -2.17805e+05&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.12032e+02&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 <EM><U><STRONG>1.52697e+02<BR></STRONG></U></EM>&nbsp;</DIV>
<DIV><U><STRONG>the 2nd file</STRONG></U></DIV>
<DIV>Energies (kJ/mol)<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Angle&nbsp;&nbsp;&nbsp; Proper Dih. Ryckaert-Bell.&nbsp; Improper Dih.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ-14<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.00835e+04&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.56519e+03&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.14071e+03&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.06361e+02&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.94693e+03<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Coulomb-14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ (SR)&nbsp;&nbsp; Coulomb (SR)&nbsp;&nbsp; Coulomb (LR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Potential<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.95655e+04&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.31344e+03&nbsp;&nbsp; -2.14504e+05&nbsp;&nbsp; -1.01600e+05&nbsp;&nbsp; -2.63682e+05<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Kinetic En.&nbsp;&nbsp; Total Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp; Temperature <EM><STRONG><U>Pressure (bar)<BR></U></STRONG></EM>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.58780e+04&nbsp;&nbsp; -2.17805e+05&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.12032e+02&nbsp;&nbsp;&nbsp; <STRONG><EM><U>1.52337e+02</U></EM></STRONG></DIV>
<DIV>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Step&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Lambda<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 500100&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1000.20007&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000</DIV>
<DIV>....................................................................................................................................</DIV>
<DIV><STRONG><U>My input file:</U></STRONG></DIV>
<DIV>title&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = M2 in dmPC<BR>cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; /lib/cpp<BR>constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; all-bonds<BR>integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; md<BR>dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.002&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; ps !<BR>nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 500000&nbsp;&nbsp; ; total 1000 ps = 1 ns !<BR>nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1<BR>nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 250<BR>nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;
 1000<BR>nstfout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0<BR>nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 100<BR>nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 100<BR>nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 10<BR>ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; grid<BR>rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.2<BR>coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; PME<BR>rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.2<BR>rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.2<BR>pbc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; xyz<BR>; Berendsen temperature
 coupling is on in two groups<BR>Tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; berendsen<BR>tc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; Protein&nbsp; DMPC&nbsp; SOL&nbsp; Na<BR>tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1&nbsp;&nbsp; 0.1&nbsp; 0.1<BR>ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 310&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 310&nbsp;&nbsp; 310&nbsp; 310<BR>; Energy monitoring<BR>energygrps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; Protein&nbsp; DMPC&nbsp; SOL&nbsp; Na<BR>; Isotropic pressure coupling is now on<BR>Pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; berendsen<BR>Pcoupltype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =
 isotropic<BR>tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.0<BR>compressibility&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 4.5e-5<BR>ref_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.0<BR>; Generate velocites is off at 300 K.<BR>gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; no<BR>gen_temp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 310.0<BR></DIV></DIV><p>
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