
<HTML><HEAD><META content="text/html; charset=x-user-defined" http-equiv="Content-Type"><style type="text/css"><!--.MailHeader { font-family: "Arial"; font-size: 8pt; color: #000000; font-style: normal; font-weight: normal; text-decoration: none; }//--></style></HEAD><BODY>

Thank you for your lind reply. Your information worked and I am able to

run pdb2gmx command. But when I ran grompp command it geve me following

error:<br>

<br>

processing topology...<br>

Generated 1284 of the 1485 non-bonded parameter combinations<br>

WARNING 1 [file "topol1.top", line 54]:<br>

&nbsp; No default Bond types, using zeroes<br>

WARNING 2 [file "topol1.top", line 55]:<br>

&nbsp; No default Bond types, using zeroes<br>

WARNING 3 [file "topol1.top", line 56]:<br>

&nbsp; No default Bond types, using zeroes<br>

WARNING 4 [file "topol1.top", line 57]:<br>

&nbsp; No default Bond types, using zeroes<br>

WARNING 5 [file "topol1.top", line 58]:<br>

&nbsp; No default Bond types, using zeroes<br>

WARNING 6 [file "topol1.top", line 59]:<br>

&nbsp; No default Bond types, using zeroes<br>

WARNING 7 [file "topol1.top", line 60]:<br>

&nbsp; No default Bond types, using zeroes<br>

WARNING 8 [file "topol1.top", line 61]:<br>

&nbsp; No default Bond types, using zeroes<br>

WARNING 9 [file "topol1.top", line 62]:<br>

&nbsp; No default Bond types, using zeroes<br>

WARNING 10 [file "topol1.top", line 76]:<br>

&nbsp; No default Angle types, using zeroes<br>

Cleaning up temporary file gromppHDlOEd<br>

Fatal error: Too many warnings, grompp terminated<br>

<br>

Generated .top file looks like as follows:<br>

<br>

;&nbsp;&nbsp;&nbsp; File 'topol1.top' was generated<br>

;&nbsp;&nbsp;&nbsp; By user: root (0)<br>

;&nbsp;&nbsp;&nbsp; On host: fox<br>

;&nbsp;&nbsp;&nbsp; At date: Wed Aug 17 17:18:57 2005<br>

;<br>

;&nbsp;&nbsp;&nbsp; This is your topology file<br>

;&nbsp;&nbsp;&nbsp; "Stop Drinking My Beer !" (The Amps)<br>

;<br>

; Include forcefield parameters<br>

#include "ffgmx.itp"<br>

<br>

[ moleculetype ]<br>

; Name&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nrexcl<br>

Protein&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3<br>

<br>

[ atoms ]<br>

;&nbsp;&nbsp; nr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; type&nbsp; resnr

residue&nbsp; atom&nbsp;&nbsp; cgnr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

charge&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mass&nbsp;

typeB&nbsp;&nbsp;&nbsp; chargeB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; massB<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

PE&nbsp;&nbsp;&nbsp; CAA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.2913&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp;

; qtot -0.2913<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

PE&nbsp;&nbsp; HAA1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.2913<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

PE&nbsp;&nbsp; HAA2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.145&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.1463<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

PE&nbsp;&nbsp; HAA3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.145&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.0013<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

PE&nbsp;&nbsp;&nbsp; CAB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.2888&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp;

; qtot -0.2901<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

PE&nbsp;&nbsp; HAB1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1451&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.145<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

PE&nbsp;&nbsp; HAB2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1451&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 9.999e-05<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

PE&nbsp;&nbsp;&nbsp; CAC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.2913&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp;

; qtot -0.2912<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

PE&nbsp;&nbsp; HAC1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.145&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.1462<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;

10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

PE&nbsp;&nbsp; HAC2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.145&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.0012<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;

11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

PE&nbsp;&nbsp;&nbsp; CAD&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.2888&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp;

; qtot -0.29<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;

12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

PE&nbsp;&nbsp; HAD1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1451&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.1449<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;

13&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

PE&nbsp;&nbsp; HAD2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1451&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.0002<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;

14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

PE&nbsp;&nbsp;&nbsp; CAE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.2913&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp;

; qtot -0.2911<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;

15&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

PE&nbsp;&nbsp; HAE1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.145&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.1461<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;

16&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

PE&nbsp;&nbsp; HAE2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.145&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.0011<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;

17&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

PE&nbsp;&nbsp;&nbsp; CAF&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.2888&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp;

; qtot -0.2899<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;

18&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

PE&nbsp;&nbsp; HAF1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1451&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.1448<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;

19&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

PE&nbsp;&nbsp; HAF2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1451&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.0003<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;

20&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

PE&nbsp;&nbsp;&nbsp; CAG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.2913&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp;

; qtot -0.291<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;

21&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

PE&nbsp;&nbsp; HAG1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.145&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.146<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;

22&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

PE&nbsp;&nbsp; HAG2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.145&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.001<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;

23&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

PE&nbsp;&nbsp;&nbsp; CAH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.2888&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp;

; qtot -0.2898<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;

24&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

PE&nbsp;&nbsp; HAH1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1451&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.1447<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;

25&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

PE&nbsp;&nbsp; HAH2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1451&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.0003999<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;

26&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

PE&nbsp;&nbsp;&nbsp; CAI&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.2913&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp;

; qtot -0.2909<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;

27&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

PE&nbsp;&nbsp; HAI1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.145&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.1459<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;

28&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

PE&nbsp;&nbsp; HAI2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.145&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.0009001<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;

29&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

PE&nbsp;&nbsp;&nbsp; CAJ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.2888&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp;

; qtot -0.2897<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;

30&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

PE&nbsp;&nbsp; HAJ1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.2897<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;

31&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

PE&nbsp;&nbsp; HAJ2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1451&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.1446<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;

32&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

PE&nbsp;&nbsp; HAJ3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1451&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.0004999<br>

<br>

[ bonds ]<br>

;&nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj

funct&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

c0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

c1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

c2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c3<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

&nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp;&nbsp; 23&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

&nbsp;&nbsp; 23&nbsp;&nbsp;&nbsp; 26&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

&nbsp;&nbsp; 26&nbsp;&nbsp;&nbsp; 29&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

<br>

[ pairs ]<br>

;&nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj

funct&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

c0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

c1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

c2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c3<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp;&nbsp; 23&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp;&nbsp; 26&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

&nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp;&nbsp; 29&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

<br>

[ angles ]<br>

;&nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj&nbsp;&nbsp;&nbsp; ak

funct&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

c0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

c1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

c2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c3<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp;&nbsp; 23&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

&nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp;&nbsp; 23&nbsp;&nbsp;&nbsp; 26&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

&nbsp;&nbsp; 23&nbsp;&nbsp;&nbsp; 26&nbsp;&nbsp;&nbsp; 29&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

<br>

[ dihedrals ]<br>

;&nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj&nbsp;&nbsp;&nbsp; ak&nbsp;&nbsp;&nbsp;

al

funct&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

c0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

c1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

c2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

c3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

c4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c5<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp;&nbsp; 23&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp;&nbsp; 23&nbsp;&nbsp;&nbsp; 26&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

&nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp;&nbsp; 23&nbsp;&nbsp;&nbsp; 26&nbsp;&nbsp;&nbsp; 29&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

<br>

; Include Position restraint file<br>

#ifdef POSRES<br>

#include "posre.itp"<br>

#endif<br>

<br>

; Include water topology<br>

#include "spc.itp"<br>

<br>

#ifdef POSRES_WATER<br>

; Position restraint for each water oxygen<br>

[ position_restraints ]<br>

;&nbsp; i funct&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

fcx&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

fcy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; fcz<br>

&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1000<br>

#endif<br>

<br>

; Include generic topology for ions<br>

#include "ions.itp"<br>

<br>

[ system ]<br>

; Name<br>

Protein<br>

<br>

[ molecules ]<br>

; Compound&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; #mols<br>

Protein&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>

<br>

Please suggest for this. Thanking you once again.<br>

<br>

Rahul karyappa<br>

NCL, Pune<br>

India<br>

<br>

<br><font face="Arial" size="2"><TABLE STYLE="border-color: blue; border-left: 1px solid blue; padding-left: 5px;"><tbody><TR><TD><b><i>-- Original Message --</i></b><br>From: David van der Spoel &lt;spoel@xray.bmc.uu.se&gt;<br>To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br>Date: Wed, 17 Aug 2005 11:53:18 +0200<br>Subject: Re: [gmx-users] error after new addition of molecule<br><br>On Wed, 2005-08-17 at 14:56 +0530, Rahul Karyappa wrote:<br>&gt; Dear all,<br>&gt;      I wanted to add a new molecule in the forcefield database. For a<br>&gt; trial I took a 10 repeat unit chain of Polyethylene. So I added it to<br>&gt; the residue database and also in the aminoacids.dat file. When I ran<br>&gt; pdb2gmx command to generate  .gro and .top file but it gave me<br>&gt; following error:<br>&gt; <br>&gt; Fatal error: atom N not found in residue 1PE while combining tdb and<br>&gt; rtp<br>&gt; <br>&gt; How should I proceed next? Can anyone have suggestions for this error?<br>pdb2gmx -ter<br>select none for termini<br><br>&gt;  Thanking you all.<br>&gt; <br>&gt; Rahul Karyappa<br>&gt; NCL, Pune<br>&gt; India<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; *****************************************************************<br>&gt; This email is virus free by TrendMicro Inter Scan Security Suite.<br>&gt; *****************************************************************<br>&gt; <br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list<br>&gt; gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>-- <br>David.<br>________________________________________________________________________<br>David van der Spoel, PhD, Assoc. Prof., Molecular Biophysics group,<br>Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.<br>Husargatan 3, Box 596,          75124 Uppsala, Sweden<br>phone:  46 18 471 4205          fax: 46 18 511 755<br>spoel@xray.bmc.uu.se    spoel@gromacs.org   http://xray.bmc.uu.se/~spoel<br>++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++<br><br><br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list<br>gmx-users@gromacs.org<br>http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br></TD></TR></tbody></TABLE></font></BODY></HTML>

<table><tr><td bgcolor=#ffffff><font color=#000000>*****************************************************************<br>

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