
<HTML><HEAD><META content="text/html; charset=x-user-defined" http-equiv="Content-Type"><style type="text/css"><!--.MailHeader { font-family: "Arial"; font-size: 8pt; color: #000000; font-style: normal; font-weight: normal; text-decoration: none; }//--></style></HEAD><BODY>Dear all,<br>

&nbsp;&nbsp; I have a polyethylene.pdb file for 10 repeat units of

polyethylene. I want to define atoms and bonds for residue PE in the

ffgmx.rtp file. When I enter all the atoms as it is in the .pdb file

and define the bonds, I am able to run pdb2gmx.&nbsp; But&nbsp; if I

want to run pdb2gmx on higher no. of repeat units then

it will be time-consuming to define each atom and bond. Can I add atoms

and bonds for one repeat unit

and use it for any no. of length of the polymer?&nbsp; My .pdb file

looks like as follows: <br>

<br>

<font size="2">REMARK&nbsp; <br>

REMARK&nbsp; <br>

REMARK&nbsp; This file was generated by PRODRG version 050728.0532<br>

REMARK&nbsp; PRODRG written/copyrighted by Daan van Aalten<br>

REMARK&nbsp; <br>

REMARK&nbsp; Questions/comments to dava@davapc1.bioch.dundee.ac.uk<br>

REMARK&nbsp; <br>

REMARK&nbsp; When using this software in a publication, cite:<br>

REMARK&nbsp; A. W. Schuettelkopf and D. M. F. van Aalten (2004).<br>

REMARK&nbsp; PRODRG - a tool for high-throughput crystallography<br>

REMARK&nbsp; of protein-ligand complexes.<br>

REMARK&nbsp; Acta Crystallogr. D60, 1355--1363.<br>

REMARK&nbsp; <br>

REMARK&nbsp; <br>

HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; CAA PE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.216&nbsp;&nbsp; 1.219&nbsp;

-0.167&nbsp; 1.00

20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

C<br>

HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2 1HAA PE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.327&nbsp;&nbsp; 0.277&nbsp;

-0.484&nbsp; 1.00

20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

H<br>

HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3 2HAA PE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.787&nbsp;&nbsp;

1.218&nbsp;&nbsp; 0.736&nbsp; 1.00

20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

H<br>

HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4 3HAA PE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.637&nbsp;&nbsp; 1.721&nbsp;

-0.810&nbsp; 1.00

20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

H<br>

HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp; CAB PE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.587&nbsp;&nbsp; 1.894&nbsp;

-0.081&nbsp; 1.00

20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

C<br>

HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6 1HAB PE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.006&nbsp;&nbsp; 1.880&nbsp;

-0.989&nbsp; 1.00

20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

H<br>

HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7 2HAB PE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.157&nbsp;&nbsp;

1.377&nbsp;&nbsp; 0.558&nbsp; 1.00

20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

H<br>

HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp; CAC PE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.514&nbsp;&nbsp;

3.351&nbsp;&nbsp; 0.400&nbsp; 1.00

20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

C<br>

HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9 1HAC PE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.094&nbsp;&nbsp;

3.363&nbsp;&nbsp; 1.307&nbsp; 1.00

20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

H<br>

HETATM&nbsp;&nbsp; 10 2HAC PE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.943&nbsp;&nbsp; 3.866&nbsp;

-0.239&nbsp; 1.00

20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

H<br>

HETATM&nbsp;&nbsp; 11&nbsp; CAD PE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.884&nbsp;&nbsp;

4.039&nbsp;&nbsp; 0.490&nbsp; 1.00

20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

C<br>

HETATM&nbsp;&nbsp; 12 1HAD PE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.305&nbsp;&nbsp; 4.027&nbsp;

-0.417&nbsp; 1.00

20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

H<br>

HETATM&nbsp;&nbsp; 13 2HAD PE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.455&nbsp;&nbsp;

3.525&nbsp;&nbsp; 1.130&nbsp; 1.00

20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

H<br>

HETATM&nbsp;&nbsp; 14&nbsp; CAE PE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.806&nbsp;&nbsp;

5.496&nbsp;&nbsp; 0.970&nbsp; 1.00

20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

C<br>

HETATM&nbsp;&nbsp; 15 1HAE PE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.386&nbsp;&nbsp;

5.508&nbsp;&nbsp; 1.877&nbsp; 1.00

20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

H<br>

HETATM&nbsp;&nbsp; 16 2HAE PE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.234&nbsp;&nbsp;

6.010&nbsp;&nbsp; 0.330&nbsp; 1.00

20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

H<br>

HETATM&nbsp;&nbsp; 17&nbsp; CAF PE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.176&nbsp;&nbsp;

6.185&nbsp;&nbsp; 1.059&nbsp; 1.00

20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

C<br>

HETATM&nbsp;&nbsp; 18 1HAF PE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.597&nbsp;&nbsp;

6.171&nbsp;&nbsp; 0.152&nbsp; 1.00

20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

H<br>

HETATM&nbsp;&nbsp; 19 2HAF PE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.747&nbsp;&nbsp;

5.672&nbsp;&nbsp; 1.700&nbsp; 1.00

20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

H<br>

HETATM&nbsp;&nbsp; 20&nbsp; CAG PE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.098&nbsp;&nbsp;

7.643&nbsp;&nbsp; 1.537&nbsp; 1.00

20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

C<br>

HETATM&nbsp;&nbsp; 21 1HAG PE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.678&nbsp;&nbsp;

7.658&nbsp;&nbsp; 2.445&nbsp; 1.00

20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

H<br>

HETATM&nbsp;&nbsp; 22 2HAG PE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.528&nbsp;&nbsp;

8.157&nbsp;&nbsp; 0.897&nbsp; 1.00

20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

H<br>

HETATM&nbsp;&nbsp; 23&nbsp; CAH PE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6.474&nbsp;&nbsp;

8.325&nbsp;&nbsp; 1.623&nbsp; 1.00

20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

C<br>

HETATM&nbsp;&nbsp; 24 1HAH PE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6.871&nbsp;&nbsp;

8.339&nbsp;&nbsp; 0.705&nbsp; 1.00

20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

H<br>

HETATM&nbsp;&nbsp; 25 2HAH PE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.053&nbsp;&nbsp;

7.779&nbsp;&nbsp; 2.229&nbsp; 1.00

20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

H<br>

HETATM&nbsp;&nbsp; 26&nbsp; CAI PE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6.452&nbsp;&nbsp;

9.768&nbsp;&nbsp; 2.156&nbsp; 1.00

20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

C<br>

HETATM&nbsp;&nbsp; 27 1HAI PE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.398&nbsp; 10.074&nbsp;&nbsp;

2.266&nbsp; 1.00

20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

H<br>

HETATM&nbsp;&nbsp; 28 2HAI PE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.997&nbsp;&nbsp;

9.764&nbsp;&nbsp; 3.046&nbsp; 1.00

20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

H<br>

HETATM&nbsp;&nbsp; 29&nbsp; CAJ PE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.727&nbsp; 10.771&nbsp;&nbsp;

1.253&nbsp; 1.00

20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

C<br>

HETATM&nbsp;&nbsp; 30 1HAJ PE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.759&nbsp; 11.679&nbsp;&nbsp;

1.670&nbsp; 1.00

20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

H<br>

HETATM&nbsp;&nbsp; 31 2HAJ PE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6.174&nbsp; 10.799&nbsp;&nbsp;

0.359&nbsp; 1.00

20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

H<br>

HETATM&nbsp;&nbsp; 32 3HAJ PE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.774&nbsp; 10.490&nbsp;&nbsp;

1.139&nbsp; 1.00

20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

H<br>

CONECT&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5<br>

CONECT&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>

CONECT&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>

CONECT&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>

CONECT&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8<br>

CONECT&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5<br>

CONECT&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5<br>

CONECT&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp; 11<br>

CONECT&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8<br>

CONECT&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8<br>

CONECT&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp; 13&nbsp;&nbsp; 14<br>

CONECT&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp; 11<br>

CONECT&nbsp;&nbsp; 13&nbsp;&nbsp; 11<br>

CONECT&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp; 15&nbsp;&nbsp; 16&nbsp;&nbsp; 17<br>

CONECT&nbsp;&nbsp; 15&nbsp;&nbsp; 14<br>

CONECT&nbsp;&nbsp; 16&nbsp;&nbsp; 14<br>

CONECT&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp; 18&nbsp;&nbsp; 19&nbsp;&nbsp; 20<br>

CONECT&nbsp;&nbsp; 18&nbsp;&nbsp; 17<br>

CONECT&nbsp;&nbsp; 19&nbsp;&nbsp; 17<br>

CONECT&nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp; 21&nbsp;&nbsp; 22&nbsp;&nbsp; 23<br>

CONECT&nbsp;&nbsp; 21&nbsp;&nbsp; 20<br>

CONECT&nbsp;&nbsp; 22&nbsp;&nbsp; 20<br>

CONECT&nbsp;&nbsp; 23&nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp; 24&nbsp;&nbsp; 25&nbsp;&nbsp; 26<br>

CONECT&nbsp;&nbsp; 24&nbsp;&nbsp; 23<br>

CONECT&nbsp;&nbsp; 25&nbsp;&nbsp; 23<br>

CONECT&nbsp;&nbsp; 26&nbsp;&nbsp; 23&nbsp;&nbsp; 27&nbsp;&nbsp; 28&nbsp;&nbsp; 29<br>

CONECT&nbsp;&nbsp; 27&nbsp;&nbsp; 26<br>

CONECT&nbsp;&nbsp; 28&nbsp;&nbsp; 26<br>

CONECT&nbsp;&nbsp; 29&nbsp;&nbsp; 26&nbsp;&nbsp; 30&nbsp;&nbsp; 31&nbsp;&nbsp; 32<br>

CONECT&nbsp;&nbsp; 30&nbsp;&nbsp; 29<br>

CONECT&nbsp;&nbsp; 31&nbsp;&nbsp; 29<br>

CONECT&nbsp;&nbsp; 32&nbsp;&nbsp; 29<br>

END<br>

<br>

-This is how I defined the residue PE in the .rtp file:<br>

<br>

[ atoms ]<br>

&nbsp;&nbsp; CAA&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; -0.2913&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

&nbsp; HAA1&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

&nbsp; HAA2&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;H&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1450&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0 <br>

&nbsp; HAA3&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1450&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

&nbsp;&nbsp; CAB&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; -0.2888&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

&nbsp; HAB1&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1451&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

&nbsp; HAB2&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1451&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

&nbsp;&nbsp; CAC&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; -0.2913&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

&nbsp; HAC1&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1450&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

&nbsp; HAC2&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1450&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

&nbsp;&nbsp; CAD&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; -0.2888&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

&nbsp; HAD1&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1451&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

&nbsp; HAD2&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1451&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

&nbsp;&nbsp; CAE&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; -0.2913&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

&nbsp; HAE1&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1450&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

&nbsp; HAE2&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1450&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

&nbsp;&nbsp; CAF&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; -0.2888&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

&nbsp; HAF1&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1451&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

&nbsp; HAF2&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1451&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

&nbsp;&nbsp; CAG&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; -0.2913&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

&nbsp; HAG1&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1450&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

&nbsp; HAG2&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1450&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

&nbsp;&nbsp; CAH&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; -0.2888&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

&nbsp; HAH1&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1451&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

&nbsp; HAH2&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1451&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

&nbsp;&nbsp; CAI&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; -0.2913&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

&nbsp; HAI1&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1450&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

&nbsp; HAI2&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1450&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

&nbsp;&nbsp; CAJ&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; -0.2888&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

&nbsp; HAJ1&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

&nbsp; HAJ2&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1451&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

&nbsp; HAJ3&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1451&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

&nbsp;[ bonds ] <br>

&nbsp;&nbsp; CAA&nbsp; 1HAA<br>

&nbsp;&nbsp; CAA&nbsp; 2HAA<br>

&nbsp;&nbsp; CAA&nbsp; 3HAA<br>

&nbsp;&nbsp; CAA&nbsp;&nbsp; CAB<br>

&nbsp;&nbsp; CAB&nbsp; 1HAB<br>

&nbsp;&nbsp; CAB&nbsp; 2HAB<br>

&nbsp;&nbsp; CAB&nbsp;&nbsp; CAC<br>

&nbsp;&nbsp; CAC&nbsp; 1HAC<br>

&nbsp;&nbsp; CAC&nbsp; 2HAC<br>

&nbsp;&nbsp; CAC&nbsp;&nbsp; CAD<br>

&nbsp;&nbsp; CAD&nbsp; 1HAD<br>

&nbsp;&nbsp; CAD&nbsp; 2HAD&nbsp; <br>

&nbsp;&nbsp; CAD&nbsp;&nbsp; CAE<br>

&nbsp;&nbsp; CAE&nbsp; 1HAE<br>

&nbsp;&nbsp; CAE&nbsp; 2HAE<br>

&nbsp;&nbsp; CAE&nbsp;&nbsp; CAF<br>

&nbsp;&nbsp; CAF&nbsp; 1HAF<br>

&nbsp;&nbsp; CAF&nbsp; 2HAF<br>

&nbsp;&nbsp; CAF&nbsp;&nbsp; CAG<br>

&nbsp;&nbsp; CAG&nbsp; 1HAG<br>

&nbsp;&nbsp; CAG&nbsp; 2HAG<br>

&nbsp;&nbsp; CAG&nbsp;&nbsp; CAH<br>

&nbsp;&nbsp; CAH&nbsp; 1HAH<br>

&nbsp;&nbsp; CAH&nbsp; 2HAH<br>

&nbsp;&nbsp; CAH&nbsp;&nbsp; CAI<br>

&nbsp;&nbsp; CAI&nbsp; 1HAI<br>

&nbsp;&nbsp; CAI&nbsp; 2HAI<br>

&nbsp;&nbsp; CAI&nbsp;&nbsp; CAJ<br>

&nbsp;&nbsp; CAJ&nbsp; 1HAJ<br>

&nbsp;&nbsp; CAJ&nbsp; 2HAJ<br>

&nbsp;&nbsp; CAJ&nbsp; 3HAJ <br>

</font><br>

After defining them in .rtp file like this, I got the .gro and .top

file. But when I ran grompp it gave me error Fatal Error: No default

bond/angle/dihedral types, using zeroes.<br>

<br>

Can anyone have suggestions for this?<br>

Thank you in advance.<br>

<br>

Rahul Karyappa<br>

NCL, Pune<br>

India<br>

<br>

<br>

<br>


</BODY></HTML>

<table><tr><td bgcolor=#ffffff><font color=#000000>*****************************************************************<br>

This email is virus free by TrendMicro Inter Scan Security Suite.<br>

*****************************************************************<br>

</font></td></tr></table>