Hi Rahul,<br>
<br>
For one thing, I don't think you want to have all of the molecule to
form one charge group. However, the error occurs, because there are no
proper definitions for the bonds, angles and dihedrals. Have a look at
the other residues in the .rtp file. Following the atom names defining
the bond/angle/dihedral is a code for the parameters (gb_*,ga_*,gd_*)
which refers to parameters in ff*bon.itp.<br>
<br>
By the way, if you have a polyethylene, you should be able to define just one ethylene and use pdb2gmx to build the chain.<br>
<br>
Hope it helps,<br>
<br>
Tsjerk<br><br><div><span class="gmail_quote">On 8/17/05, <b class="gmail_sendername">Rahul Karyappa</b> &lt;<a href="mailto:r.karyappa@ncl.res.in">r.karyappa@ncl.res.in</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">

Thank you for your lind reply. Your information worked and I am able to
run pdb2gmx command. But when I ran grompp command it geve me following
error:<br>
<br>
processing topology...<br>
Generated 1284 of the 1485 non-bonded parameter combinations<br>
WARNING 1 [file &quot;topol1.top&quot;, line 54]:<br>
&nbsp; No default Bond types, using zeroes<br>
WARNING 2 [file &quot;topol1.top&quot;, line 55]:<br>
&nbsp; No default Bond types, using zeroes<br>
WARNING 3 [file &quot;topol1.top&quot;, line 56]:<br>
&nbsp; No default Bond types, using zeroes<br>
WARNING 4 [file &quot;topol1.top&quot;, line 57]:<br>
&nbsp; No default Bond types, using zeroes<br>
WARNING 5 [file &quot;topol1.top&quot;, line 58]:<br>
&nbsp; No default Bond types, using zeroes<br>
WARNING 6 [file &quot;topol1.top&quot;, line 59]:<br>
&nbsp; No default Bond types, using zeroes<br>
WARNING 7 [file &quot;topol1.top&quot;, line 60]:<br>
&nbsp; No default Bond types, using zeroes<br>
WARNING 8 [file &quot;topol1.top&quot;, line 61]:<br>
&nbsp; No default Bond types, using zeroes<br>
WARNING 9 [file &quot;topol1.top&quot;, line 62]:<br>
&nbsp; No default Bond types, using zeroes<br>
WARNING 10 [file &quot;topol1.top&quot;, line 76]:<br>
&nbsp; No default Angle types, using zeroes<br>
Cleaning up temporary file gromppHDlOEd<br>
Fatal error: Too many warnings, grompp terminated<br>
<br>
Generated .top file looks like as follows:<br>
<br>
;&nbsp;&nbsp;&nbsp; File 'topol1.top' was generated<br>
;&nbsp;&nbsp;&nbsp; By user: root (0)<br>
;&nbsp;&nbsp;&nbsp; On host: fox<br>
;&nbsp;&nbsp;&nbsp; At date: Wed Aug 17 17:18:57 2005<br>
;<br>
;&nbsp;&nbsp;&nbsp; This is your topology file<br>
;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &quot;Stop Drinking My Beer !&quot; (The Amps)<br>
;<br>
; Include forcefield parameters<br>
#include &quot;ffgmx.itp&quot;<br>
<br>
[ moleculetype ]<br>
; Name&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nrexcl<br>
Protein&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3<br>
<br>
[ atoms ]<br>
;&nbsp;&nbsp; nr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; type&nbsp; resnr
residue&nbsp; atom&nbsp;&nbsp; cgnr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
charge&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mass&nbsp;
typeB&nbsp;&nbsp;&nbsp; chargeB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; massB<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
PE&nbsp;&nbsp;&nbsp; CAA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.2913&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp;
; qtot -0.2913<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
PE&nbsp;&nbsp; HAA1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.2913<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
PE&nbsp;&nbsp; HAA2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.145&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.1463<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
PE&nbsp;&nbsp; HAA3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.145&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.0013<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
PE&nbsp;&nbsp;&nbsp; CAB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.2888&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp;
; qtot -0.2901<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
PE&nbsp;&nbsp; HAB1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1451&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.145<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
PE&nbsp;&nbsp; HAB2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1451&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 9.999e-05<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
PE&nbsp;&nbsp;&nbsp; CAC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.2913&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp;
; qtot -0.2912<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
PE&nbsp;&nbsp; HAC1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.145&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.1462<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;
10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
PE&nbsp;&nbsp; HAC2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.145&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.0012<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;
11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
PE&nbsp;&nbsp;&nbsp; CAD&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.2888&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp;
; qtot -0.29<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;
12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
PE&nbsp;&nbsp; HAD1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1451&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.1449<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;
13&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
PE&nbsp;&nbsp; HAD2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1451&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.0002<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;
14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
PE&nbsp;&nbsp;&nbsp; CAE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.2913&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp;
; qtot -0.2911<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;
15&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
PE&nbsp;&nbsp; HAE1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.145&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.1461<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;
16&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
PE&nbsp;&nbsp; HAE2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.145&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.0011<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;
17&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
PE&nbsp;&nbsp;&nbsp; CAF&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.2888&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp;
; qtot -0.2899<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;
18&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
PE&nbsp;&nbsp; HAF1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1451&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.1448<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;
19&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
PE&nbsp;&nbsp; HAF2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1451&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.0003<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;
20&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
PE&nbsp;&nbsp;&nbsp; CAG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.2913&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp;
; qtot -0.291<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;
21&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
PE&nbsp;&nbsp; HAG1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.145&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.146<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;
22&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
PE&nbsp;&nbsp; HAG2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.145&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.001<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;
23&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
PE&nbsp;&nbsp;&nbsp; CAH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.2888&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp;
; qtot -0.2898<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;
24&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
PE&nbsp;&nbsp; HAH1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1451&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.1447<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;
25&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
PE&nbsp;&nbsp; HAH2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1451&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.0003999<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;
26&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
PE&nbsp;&nbsp;&nbsp; CAI&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.2913&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp;
; qtot -0.2909<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;
27&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
PE&nbsp;&nbsp; HAI1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.145&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.1459<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;
28&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
PE&nbsp;&nbsp; HAI2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.145&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.0009001<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;
29&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
PE&nbsp;&nbsp;&nbsp; CAJ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.2888&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp;
; qtot -0.2897<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;
30&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
PE&nbsp;&nbsp; HAJ1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.2897<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;
31&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
PE&nbsp;&nbsp; HAJ2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1451&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.1446<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;
32&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
PE&nbsp;&nbsp; HAJ3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1451&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.0004999<br>
<br>
[ bonds ]<br>
;&nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj
funct&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
c0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
c1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
c2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c3<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>
&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>
&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>
&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>
&nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp;&nbsp; 23&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>
&nbsp;&nbsp; 23&nbsp;&nbsp;&nbsp; 26&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>
&nbsp;&nbsp; 26&nbsp;&nbsp;&nbsp; 29&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>
<br>
[ pairs ]<br>
;&nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj
funct&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
c0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
c1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
c2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c3<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>
&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>
&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp;&nbsp; 23&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>
&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp;&nbsp; 26&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>
&nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp;&nbsp; 29&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>
<br>
[ angles ]<br>
;&nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj&nbsp;&nbsp;&nbsp; ak
funct&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
c0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
c1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
c2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c3<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>
&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>
&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>
&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp;&nbsp; 23&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>
&nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp;&nbsp; 23&nbsp;&nbsp;&nbsp; 26&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>
&nbsp;&nbsp; 23&nbsp;&nbsp;&nbsp; 26&nbsp;&nbsp;&nbsp; 29&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>
<br>
[ dihedrals ]<br>
;&nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj&nbsp;&nbsp;&nbsp; ak&nbsp;&nbsp;&nbsp;
al
funct&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
c0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
c1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
c2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
c3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
c4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c5<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>
&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>
&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp;&nbsp; 23&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>
&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp;&nbsp; 23&nbsp;&nbsp;&nbsp; 26&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>
&nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp;&nbsp; 23&nbsp;&nbsp;&nbsp; 26&nbsp;&nbsp;&nbsp; 29&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>
<br>
; Include Position restraint file<br>
#ifdef POSRES<br>
#include &quot;posre.itp&quot;<br>
#endif<br>
<br>
; Include water topology<br>
#include &quot;spc.itp&quot;<br>
<br>
#ifdef POSRES_WATER<br>
; Position restraint for each water oxygen<br>
[ position_restraints ]<br>
;&nbsp; i funct&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
fcx&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
fcy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; fcz<br>
&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1000<br>
#endif<br>
<br>
; Include generic topology for ions<br>
#include &quot;ions.itp&quot;<br>
<br>
[ system ]<br>
; Name<br>
Protein<br>
<br>
[ molecules ]<br>
; Compound&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; #mols<br>
Protein&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>
<br>
Please suggest for this. Thanking you once again.<br><span class="sg">
<br>
Rahul karyappa<br>
NCL, Pune<br>
India</span><div><span class="e" id="q_105c447dfa753b47_2"><br>
<br>
<br><font face="Arial" size="2"><table style="border-color: blue; border-left: 1px solid blue; padding-left: 5px;"><tbody><tr><td><b><i>-- Original Message --</i></b><br>From: David van der Spoel &lt;<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;<br>To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>Date: Wed, 17 Aug 2005 11:53:18 +0200
<br>Subject: Re: [gmx-users] error after new addition of molecule<br><br>On Wed, 2005-08-17 at 14:56 +0530, Rahul Karyappa wrote:<br>&gt; Dear all,<br>&gt;      I wanted to add a new molecule in the forcefield database. For a
<br>&gt; trial I took a 10 repeat unit chain of Polyethylene. So I added it to<br>&gt; the residue database and also in the aminoacids.dat file. When I ran<br>&gt; pdb2gmx command to generate  .gro and .top file but it gave me
<br>&gt; following error:<br>&gt; <br>&gt; Fatal error: atom N not found in residue 1PE while combining tdb and<br>&gt; rtp<br>&gt; <br>&gt; How should I proceed next? Can anyone have suggestions for this error?<br>pdb2gmx -ter
<br>select none for termini<br><br>&gt;  Thanking you all.<br>&gt; <br>&gt; Rahul Karyappa<br>&gt; NCL, Pune<br>&gt; India<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; *****************************************************************<br>&gt; This email is virus free by TrendMicro Inter Scan Security Suite.
<br>&gt; *****************************************************************<br>&gt; <br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list<br>&gt; <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
gmx-users@gromacs.org</a><br>&gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>-- <br>David.<br>________________________________________________________________________<br>David van der Spoel, PhD, Assoc. Prof., Molecular Biophysics group,<br>Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.
<br>Husargatan 3, Box 596,          75124 Uppsala, Sweden<br>phone:  46 18 471 4205          fax: 46 18 511 755<br><a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
spoel@xray.bmc.uu.se</a>    <a href="mailto:spoel@gromacs.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">spoel@gromacs.org</a>   <a href="http://xray.bmc.uu.se/%7Espoel" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
http://xray.bmc.uu.se/~spoel</a><br>++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++<br><br><br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list<br><a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the 
<br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br></td></tr></tbody></table></font>

</span></div><table><tbody><tr><td bgcolor="#ffffff"><font color="#000000">*****************************************************************<span class="q"><br>
This email is virus free by TrendMicro Inter Scan Security Suite.<br>
*****************************************************************<br>
</span></font></td></tr></tbody></table>
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gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br><br></blockquote></div><br>