<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
<head>
  <meta content="text/html;charset=ISO-8859-1" http-equiv="Content-Type">
  <title></title>
</head>
<body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
Bob Johnson wrote:
<blockquote cite="mid1124383223.4304b9f7e4a47@webmail.sas.upenn.edu"
 type="cite">
  <pre wrap="">Hello everyone,
I'm simulating the interactions between single stranded DNA and an infinite
carbon nanotube. I finally got the simulations to work (thank you David and
everyone else for your input). The DNA adsorbs to the nanotube pretty quickly
but wanders around  along the surface of the tube. It's seems that it maintains
a fixed radial distance from the tube center but moves along the z (tube axis)
and the phi (tube circumference) directions. Sometimes the DNA slides into the
next periodic box in the z direction.

When I view the trajectory in VMD, a portion of the DNA moves to the right and
goes into the next box. Of course, because of periodic boundary conditions, an
exact replica of this portion is then shifted back into the box. However, VMD
tries to draw bonds between the DNA and the portion that has been shifted.
Thus, long bonds are drawn across the nanotube's length. I was playing around
with trjconv to see if I could suppress the periodic boundary conditions for
the purpose of visualization. I've used all the different -pbc options already
and none of them helped.</pre>
</blockquote>
The solution is still trjconv. I am not sure whether you have used this.<br>
<br>
-pbc nojump <br>
<br>
This shall always leave the DNA at one side.<br>
<br>
I did following with my molecule drifting out of the box.<br>
-pbc nojump -center rot+trans <br>
select the protein to be centered. <br>
anothe trjconv -pbc inbox, which put water inside the box.<br>
<br>
Then I continue my simulation. May this helps.<br>
<blockquote cite="mid1124383223.4304b9f7e4a47@webmail.sas.upenn.edu"
 type="cite">
  <pre wrap="">Any suggestions on how to go about doing this? In the
end, it may be a problem with how VMD represents a trajectory.
Thanks,
Bob Johnson
_______________________________________________
gmx-users mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a>
Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the 
www interface or send it to <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.

  </pre>
</blockquote>
<i>Regards,</i><br>
<div class="moz-signature">
Yang Ye<br>
<small><i>Computational Biology Lab<br>
School of Biological Sciences<br>
Nanyang Technological University<br>
Singapore<br>
Tel: 6316-2884<br>
</i></small>
</div>
</body>
</html>