<HTML><HEAD><META content="text/html; charset=x-user-defined" http-equiv="Content-Type"><style type="text/css"><!--.MailHeader { font-family: "Arial"; font-size: 8pt; color: #000000; font-style: normal; font-weight: normal; text-decoration: none; }//--></style></HEAD><BODY><P>Dear all,</P>
<P>&nbsp;&nbsp; I want to use Gromacs for the synthetic polymers. First I saved the model file in .pdb format and I generated .gro and .top files from PRODRG website. I included all the type of atoms and bonds in the .rtp file. This I did for 5 repeat units of chain. But if I increase the chain length I need to add more atoms and bonds in the .rtp file which is more time-consuming. PLease tell me how I can add the atoms and bonds for a single repeat unit and I can use it for any length of chain.</P>
<P>&nbsp; In the generated topological or gromacs format the atoms are named in specific format like: For C atoms--- CAA, CAB ,CAC,.....CAI-- For H atoms---- HAA, HAB, ....., HAI.. Similarly for O atoms. For trial what I did is, I put in like this--CA*, HA*.... But it is showing error. How to put them in the .rtp file for a single repeat unit? Suggestions are welcome as early as possible. Thank you in advance.</P>
<P>Rahul Karyappa</P>
<P>NCL, Pune, India</P>
<P>&nbsp;</P></BODY></HTML>
<table><tr><td bgcolor=#ffffff><font color=#000000>*****************************************************************<br>
This email is virus free by TrendMicro Inter Scan Security Suite.<br>
*****************************************************************<br>
</font></td></tr></table>