
<HTML><HEAD><TITLE>Mail</TITLE>


<META content="KsDHTMLEDLib.ocx, FreeWare HTML Editor 1.159.7, ?Kurt Senfer" 


name=GENERATOR>


<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=GB2312"></HEAD>


<BODY style="FONT-SIZE: 9pt; FONT-FAMILY: 宋体" leftMargin=5 topMargin=5>


<DIV><%--AID_SENDTO_BEGIN--%><FONT size=4>Hello everyone:</FONT></DIV>


<DIV><FONT size=4></FONT>&nbsp;</DIV>


<DIV><FONT size=4>I set a system which has only&nbsp;2 C atoms, and there is 


only a&nbsp;special&nbsp;modified interaction.(which&nbsp;kb=100 b0=0.142 and 


there is no LJ interaction)</FONT></DIV>


<DIV><FONT size=4>In my *.mdp file I set these paraeters</FONT></DIV>


<DIV><FONT 


size=4>acc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


= 


a_1<BR>accelerate&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


= 0.0 0.0 1.0</FONT></DIV>


<DIV><FONT 


size=4>freezegrps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


= 


a_2<BR>freezedim&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


= Y Y Y<BR>cos-acceleration&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 


0</FONT></DIV>


<DIV><FONT size=4>in a_1 groug there is a C atom.I think the external force 


added is F(add)= m*a=12*1.0 (kJ/mol/nm),is it right?</FONT></DIV>


<DIV><FONT size=4></FONT>&nbsp;</DIV>


<DIV><FONT size=4>I simulate this simple system for 10 ns and&nbsp;from the 3th 


ns the coordinates of the 2 carbon atoms is not changed. Beacouse of there is a 


pretty small kb, the&nbsp; the bond is&nbsp;elongated.&nbsp;Then I calculated 


the force&nbsp;of the bond.It must be F(bon)= kb(newlength - b0).Is it 


right?</FONT></DIV>


<DIV><FONT size=4></FONT>&nbsp;</DIV>


<DIV><FONT size=4>There is a&nbsp;very interested&nbsp;reslut , the F(add)=12 pN 


the F(bon)=6.7&nbsp;pN. But the a_1 atom doesn't move for nearly 7 ns, it must 


be in equilibrium state.</FONT></DIV>


<DIV><FONT size=4></FONT>&nbsp;</DIV>


<DIV><FONT size=4>why? Can anyone tell me the reason.</FONT></DIV>


<DIV><FONT size=4></FONT>&nbsp;</DIV>


<DIV><FONT size=4></FONT>&nbsp;</DIV>


<DIV><FONT size=4>Thank you !</FONT></DIV>


<DIV><FONT size=4><%--AID_EDIT_ATTACHMENT_BEGIN--%><BR><%--AID_EDIT_ATTACHMENT_END--%></FONT></DIV>


<DIV><%--AID_FROMNAME_BEGIN--%><FONT size=4>Qi Wenpeng，</FONT><A 


href="mailto:<%--AID_FROMADDRESS_BEGIN--%>qi-wenpeng@mail.sdu.edu.cn<%--AID_FROMADDRESS_END--%>"><%--AID_FROMADDRESS_BEGIN--%><FONT 


size=4>qi-wenpeng@mail.sdu.edu.cn<%--AID_FROMADDRESS_END--%></FONT></A></DIV>


<DIV><FONT size=4>2005-9-2</FONT> </DIV></BODY></HTML>