<HTML><HEAD><META content="text/html; charset=x-user-defined" http-equiv="Content-Type"><style type="text/css"><!--.MailHeader { font-family: "Arial"; font-size: 8pt; color: #000000; font-style: normal; font-weight: normal; text-decoration: none; }//--></style></HEAD><BODY>Dear all,<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I am new to Gromacs. Since one nomth I

am trying to run my models on Gromacs. But I am not 100% successeful.

Using PRODRG website I am able to crate .gro and .top files and also I

am able to run MD run on them. But when create them using gromacs

commands I am still not successful. I think I am making&nbsp; mistakes

while&nbsp; defining the .rtp parameters. My partial .pdb file looks

like this:<br>

&nbsp;<br>

<font size="1">REMARK&nbsp;&nbsp; 4 Poly COMPLIES WITH FORMAT V. 2.0 <br>

HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; HT&nbsp; PAA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.423&nbsp;&nbsp; 6.910&nbsp;

-1.504&nbsp; 1.00&nbsp;

0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

H&nbsp; <br>

HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp; C1&nbsp; PAA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.155&nbsp;&nbsp; 6.563&nbsp;

-2.363&nbsp; 1.00&nbsp;

0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

C&nbsp; <br>

HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp; C2* PAA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.609&nbsp;&nbsp; 6.203&nbsp;

-1.930&nbsp; 1.00&nbsp;

0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

C&nbsp; <br>

HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp; C3&nbsp; PAA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.609&nbsp;&nbsp; 5.131&nbsp;

-0.899&nbsp; 1.00&nbsp;

0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

C&nbsp; <br>

HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp; O1&nbsp; PAA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.237&nbsp;&nbsp; 3.954&nbsp;

-1.147&nbsp; 1.00&nbsp;

0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O1-<br>

HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6 2HC&nbsp; PAA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.037&nbsp;&nbsp; 7.095&nbsp;

-1.462&nbsp; 1.00&nbsp;

0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

H&nbsp; <br>

HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7 1H1C PAA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.339&nbsp;&nbsp; 5.686&nbsp;

-2.789&nbsp; 1.00&nbsp;

0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

H&nbsp; <br>

HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8 1H2C PAA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.157&nbsp;&nbsp; 7.352&nbsp;

-3.119&nbsp; 1.00&nbsp;

0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

H&nbsp; <br>

HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp; O2&nbsp; PAA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.122&nbsp;&nbsp;

5.306&nbsp;&nbsp; 0.227&nbsp; 1.00&nbsp;

0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

O&nbsp; <br>

HETATM&nbsp;&nbsp; 10 NA10 PAA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.217&nbsp;&nbsp; 2.864&nbsp;

-0.095&nbsp; 1.00&nbsp;

0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; NA1+</font><br>

This in one repeat unit of the polymer surrounded by sodium ions.&nbsp;

While including the atoms in the .rtp file I am including them for one

repeat unit. But when I run pdb2gmx it says there are missing atoms. I

think while mentioning the charge group I am making mistake. I have

given 1 as a charge group for the atoms and 2 for sodium ion. But

chargegroup are different for remaining repeat units. Is this the

problem or anything else is there? Do I need to specify atosm for all

the repeat units?<br>

please help me out?<br>

Thanking you in advance. please answer this question. It's very important&nbsp; for me.<br>

<br>

Rahul Karyappa<br>

NCL, India<br>

<br>

<br>

</BODY></HTML>

<table><tr><td bgcolor=#ffffff><font color=#000000>*****************************************************************<br>

This email is virus free by TrendMicro Inter Scan Security Suite.<br>

*****************************************************************<br>

</font></td></tr></table>