<HTML><HEAD><META content="text/html; charset=x-user-defined" http-equiv="Content-Type"><style type="text/css"><!--.MailHeader { font-family: "Arial"; font-size: 8pt; color: #000000; font-style: normal; font-weight: normal; text-decoration: none; }//--></style></HEAD><BODY>Dear all,<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; I am getting error while generating .gro and .top
files using pdb2gmx. I have defined my molecule in the .rtp file as
follows:<br>
<font size="1">[ PAA ]<br>
&nbsp;[ atoms ]<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HT&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.0070&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C1&nbsp; CH3&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.2615&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; C2*&nbsp; CH2&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.0846&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C3&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.5812&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O1&nbsp;&nbsp; OM&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.0370&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; HC2&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0995&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>
&nbsp;&nbsp; H1C1&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0990&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>
&nbsp;&nbsp; H2C1&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1411&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O2 &nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.5020&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HH&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.0070&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>
&nbsp; [ bonds ]<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HT&nbsp;&nbsp; C1<br>
&nbsp;&nbsp; H1C1&nbsp;&nbsp; C1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>
&nbsp;&nbsp; H2C1&nbsp;&nbsp; C1<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C1&nbsp; C2*<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HH&nbsp; C2*<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; HC2&nbsp; C2*<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; C2*&nbsp;&nbsp;
C3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C3&nbsp;&nbsp; O2<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C3&nbsp;&nbsp; O1<br>
<br>
<font size="3">But when I run pdb2gmx it gives following warnings:<br>
<font size="1">WARNING: atom HH is missing in residue PAA 41 in the pdb file<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; You might need to add atom HH to the hydrogen database of residue PAA<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; in the file ff???.hdb (see the manual)<br>
WARNING: atom HT is missing in residue PAA 42 in the pdb file<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; You might need to add atom HT to the hydrogen database of residue PAA<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; in the file ff???.hdb (see the manual)<br>
WARNING: atom O1 is missing in residue PAA 42 in the pdb file<br>
WARNING: atom O1 is missing in residue PAA 42 in the pdb file<br>
WARNING: atom HH is missing in residue PAA 42 in the pdb file<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; You might need to add atom HH to the hydrogen database of residue PAA<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; in the file ff???.hdb (see the manual)<br>
WARNING: atom HT is missing in residue PAA 43 in the pdb file<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; You might need to add atom HT to the hydrogen database of residue PAA<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; in the file ff???.hdb (see the manual)<br>
WARNING: atom O1 is missing in residue PAA 43 in the pdb file<br>
WARNING: atom O1 is missing in residue PAA 43 in the pdb file<br>
</font></font></font>continued......<br>
<br>
When I run the command--<br>
pdb2gmx -f ....pdb -o ...gro -p ...top -ter -missing<br>
<br>
it generates the .gro and .top files but in both the files it takes
only one oxygen and that also just O. What may be the problem?<br>
Thanking you in advance.<br>
<br>
Rahul Karyappa<br>
NCL, Pune<br>
<br>
<br>
</BODY></HTML>
<table><tr><td bgcolor=#ffffff><font color=#000000>*****************************************************************<br>
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</font></td></tr></table>