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<HTML>
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<META NAME="Generator" CONTENT="MS Exchange Server version 6.5.6944.0">
<TITLE>RE: [gmx-users] Segmentation fault</TITLE>
</HEAD>
<BODY>
<!-- Converted from text/plain format -->
<BR>
<BR>

<P><FONT SIZE=2>Hi David,<BR>
<BR>
Thanks for your reply. I tried removing the 2nd H to OG. Still, giving me same error and segmentation fault.<BR>
<BR>
With regards,<BR>
<BR>
Abu<BR>
<BR>
<BR>
-----Original Message-----<BR>
From: gmx-users-bounces@gromacs.org on behalf of David van der Spoel<BR>
Sent: Tue 9/6/2005 11:58 AM<BR>
To: Discussion list for GROMACS users<BR>
Subject: Re: [gmx-users] Segmentation fault<BR>
<BR>
On Tue, 2005-09-06 at 11:13 +0100, Naser, Md Abu wrote:<BR>
&gt; Hi All,<BR>
&gt;<BR>
&gt; I have included a new amino acid- phosphoserine(PSE) in rtp file.<BR>
&gt; Although,I&nbsp; included the amino acid in ffG43a1.hdb and<BR>
&gt;<BR>
&gt; pdb2gmx -f xxx.pdb -o xxx.gro -ignh -missing -p xxx.top, gives<BR>
&gt;<BR>
&gt; WARNING: atom H is missing in residue PSE 67 in the pdb file<BR>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; You might need to add atom H to the hydrogen database of<BR>
&gt; residue PSE<BR>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; in the file ff???.hdb<BR>
&gt;<BR>
&gt; When I run mdrun, i am getting segmentation fault.<BR>
&gt;<BR>
&gt;<BR>
&gt; Can anyone advise me where might be problem?<BR>
You should remove the second H (to OG) from the hdb file, since it is<BR>
not there anymore.<BR>
<BR>
&gt;<BR>
&gt; ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~<BR>
&gt;&nbsp; in ffG43a1.rtp<BR>
&gt; [ PSE ]<BR>
&gt;<BR>
&gt;&nbsp; [ atoms ]<BR>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.28000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<BR>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.28000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<BR>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp; CH1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<BR>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp; CH2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.15000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<BR>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OG&nbsp;&nbsp;&nbsp; OA&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.54800&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<BR>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp; P&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; P&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.79800&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<BR>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O1P&nbsp;&nbsp; OM&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.80000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<BR>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O2P&nbsp;&nbsp; OM&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.80000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<BR>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O3P&nbsp;&nbsp; OM&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.80000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<BR>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.380&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3<BR>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.380&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3<BR>
&gt;&nbsp; [ bonds ]<BR>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp; gb_2&nbsp;&nbsp;<BR>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp; gb_20&nbsp;<BR>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; gb_26&nbsp;<BR>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp; gb_4&nbsp;&nbsp;<BR>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; +N&nbsp;&nbsp;&nbsp; gb_9&nbsp;&nbsp;<BR>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp; gb_26&nbsp;<BR>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp; OG&nbsp;&nbsp;&nbsp; gb_17&nbsp;<BR>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; P&nbsp;&nbsp;&nbsp; O1P&nbsp;&nbsp; ga_23<BR>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; P&nbsp;&nbsp;&nbsp; O2P&nbsp;&nbsp; ga_23<BR>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; P&nbsp;&nbsp;&nbsp; O3P&nbsp;&nbsp; ga_23<BR>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; P&nbsp;&nbsp;&nbsp; OG&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_27<BR>
&gt;&nbsp; [ angles ]<BR>
&gt; ;&nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj&nbsp;&nbsp;&nbsp; ak&nbsp;&nbsp; gromos type<BR>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_31&nbsp;<BR>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_17&nbsp;<BR>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_30&nbsp;<BR>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_12&nbsp;<BR>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; +N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_18&nbsp;<BR>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_29&nbsp;<BR>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; +N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_32&nbsp;<BR>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_12&nbsp;<BR>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_12&nbsp;<BR>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp; OG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_12<BR>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; P&nbsp;&nbsp;&nbsp; O1P&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_23<BR>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; P&nbsp;&nbsp;&nbsp; O2P&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_23<BR>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; P&nbsp;&nbsp;&nbsp; O3P&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_23<BR>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp; OG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; P&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_27<BR>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O1P&nbsp;&nbsp;&nbsp; P&nbsp;&nbsp;&nbsp; O2P&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_28<BR>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O1P&nbsp;&nbsp;&nbsp; P&nbsp;&nbsp;&nbsp; O3P&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_28<BR>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O2P&nbsp;&nbsp;&nbsp; P&nbsp;&nbsp;&nbsp; O3P&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_28<BR>
&gt;&nbsp; [ impropers ]<BR>
&gt; ;&nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj&nbsp;&nbsp;&nbsp; ak&nbsp;&nbsp;&nbsp; al&nbsp;&nbsp; gromos type<BR>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; -C&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gi_1&nbsp;&nbsp;<BR>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp; +N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gi_1&nbsp;&nbsp;<BR>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gi_2&nbsp;&nbsp;<BR>
&gt;&nbsp; [ dihedrals ]<BR>
&gt; ;&nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj&nbsp;&nbsp;&nbsp; ak&nbsp;&nbsp;&nbsp; al&nbsp;&nbsp; gromos type<BR>
&gt;&nbsp;&nbsp; -CA&nbsp;&nbsp;&nbsp; -C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gd_4&nbsp;&nbsp;<BR>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gd_19&nbsp;<BR>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; +N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gd_20&nbsp;<BR>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp; OG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gd_17&nbsp;<BR>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp; OG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; P&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gd_12<BR>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp; OG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; P&nbsp;&nbsp; O1P&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gd_11<BR>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp; OG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; P&nbsp;&nbsp; O2P&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gd_11<BR>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp; OG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; P&nbsp;&nbsp; O3P&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gd_11<BR>
&gt; ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~<BR>
&gt; in ffG43a1.hdb<BR>
&gt; PSE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<BR>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA<BR>
&gt; ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~<BR>
&gt;<BR>
&gt;<BR>
&gt; _______________________________________________<BR>
&gt; gmx-users mailing list<BR>
&gt; gmx-users@gromacs.org<BR>
&gt; <A HREF="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</A><BR>
&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<BR>
&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<BR>
--<BR>
David.<BR>
________________________________________________________________________<BR>
David van der Spoel, PhD, Assoc. Prof., Molecular Biophysics group,<BR>
Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.<BR>
Husargatan 3, Box 596,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 75124 Uppsala, Sweden<BR>
phone:&nbsp; 46 18 471 4205&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; fax: 46 18 511 755<BR>
spoel@xray.bmc.uu.se&nbsp;&nbsp;&nbsp; spoel@gromacs.org&nbsp;&nbsp; <A HREF="http://xray.bmc.uu.se/~spoel">http://xray.bmc.uu.se/~spoel</A><BR>
++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++<BR>
<BR>
<BR>
_______________________________________________<BR>
gmx-users mailing list<BR>
gmx-users@gromacs.org<BR>
<A HREF="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</A><BR>
Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<BR>
www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<BR>
<BR>
<BR>
</FONT>
</P>

</BODY>
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