
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 3.2//EN">

<HTML>

<HEAD>

<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=iso-8859-1">

<META NAME="Generator" CONTENT="MS Exchange Server version 6.5.6944.0">

<TITLE>Segmentation fault</TITLE>

</HEAD>

<BODY>

<!-- Converted from text/plain format -->


<P><FONT SIZE=2>Hi All,<BR>

<BR>

I have included a new amino acid- phosphoserine(PSE) in rtp file. Although,I&nbsp; included the amino acid in ffG43a1.hdb and<BR>

<BR>

pdb2gmx -f xxx.pdb -o xxx.gro -ignh -missing -p xxx.top, gives<BR>

<BR>

WARNING: atom H is missing in residue PSE 67 in the pdb file<BR>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; You might need to add atom H to the hydrogen database of residue PSE<BR>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; in the file ff???.hdb<BR>

<BR>

When I run mdrun, i am getting segmentation fault.<BR>

<BR>

<BR>

Can anyone advise me where might be problem?<BR>

<BR>

~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~<BR>

&nbsp;in ffG43a1.rtp<BR>

[ PSE ]<BR>

<BR>

&nbsp;[ atoms ]<BR>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.28000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<BR>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.28000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<BR>

&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp; CH1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<BR>

&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp; CH2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.15000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<BR>

&nbsp;&nbsp; OG&nbsp;&nbsp;&nbsp; OA&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.54800&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<BR>

&nbsp;&nbsp; P&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; P&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.79800&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<BR>

&nbsp;&nbsp; O1P&nbsp;&nbsp; OM&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.80000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<BR>

&nbsp;&nbsp; O2P&nbsp;&nbsp; OM&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.80000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<BR>

&nbsp;&nbsp; O3P&nbsp;&nbsp; OM&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.80000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<BR>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.380&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3<BR>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.380&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3<BR>

&nbsp;[ bonds ]<BR>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp; gb_2&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp; gb_20&nbsp;&nbsp;<BR>

&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; gb_26&nbsp;&nbsp;<BR>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp; gb_4&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; +N&nbsp;&nbsp;&nbsp; gb_9&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>

&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp; gb_26&nbsp;&nbsp;<BR>

&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp; OG&nbsp;&nbsp;&nbsp; gb_17&nbsp;&nbsp;<BR>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; P&nbsp;&nbsp;&nbsp; O1P&nbsp;&nbsp; ga_23<BR>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; P&nbsp;&nbsp;&nbsp; O2P&nbsp;&nbsp; ga_23<BR>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; P&nbsp;&nbsp;&nbsp; O3P&nbsp;&nbsp; ga_23<BR>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; P&nbsp;&nbsp;&nbsp; OG&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_27&nbsp;<BR>

&nbsp;[ angles ]<BR>

;&nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj&nbsp;&nbsp;&nbsp; ak&nbsp;&nbsp; gromos type<BR>

&nbsp;&nbsp; -C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_31&nbsp;&nbsp;<BR>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_17&nbsp;&nbsp;<BR>

&nbsp;&nbsp; -C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_30&nbsp;&nbsp;<BR>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_12&nbsp;&nbsp;<BR>

&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; +N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_18&nbsp;&nbsp;<BR>

&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_29&nbsp;&nbsp;<BR>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; +N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_32&nbsp;&nbsp;<BR>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_12&nbsp;&nbsp;<BR>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_12&nbsp;&nbsp;<BR>

&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp; OG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_12&nbsp;<BR>

&nbsp;&nbsp; OG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; P&nbsp;&nbsp;&nbsp; O1P&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_23<BR>

&nbsp;&nbsp; OG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; P&nbsp;&nbsp;&nbsp; O2P&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_23<BR>

&nbsp;&nbsp; OG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; P&nbsp;&nbsp;&nbsp; O3P&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_23<BR>

&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp; OG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; P&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_27<BR>

&nbsp;&nbsp; O1P&nbsp;&nbsp;&nbsp; P&nbsp;&nbsp;&nbsp; O2P&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_28<BR>

&nbsp;&nbsp; O1P&nbsp;&nbsp;&nbsp; P&nbsp;&nbsp;&nbsp; O3P&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_28<BR>

&nbsp;&nbsp; O2P&nbsp;&nbsp;&nbsp; P&nbsp;&nbsp;&nbsp; O3P&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_28<BR>

&nbsp;[ impropers ]<BR>

;&nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj&nbsp;&nbsp;&nbsp; ak&nbsp;&nbsp;&nbsp; al&nbsp;&nbsp; gromos type<BR>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; -C&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gi_1&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp; +N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gi_1&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>

&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gi_2&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>

&nbsp;[ dihedrals ]<BR>

;&nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj&nbsp;&nbsp;&nbsp; ak&nbsp;&nbsp;&nbsp; al&nbsp;&nbsp; gromos type<BR>

&nbsp; -CA&nbsp;&nbsp;&nbsp; -C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gd_4&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>

&nbsp;&nbsp; -C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gd_19&nbsp;&nbsp;<BR>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; +N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gd_20&nbsp;&nbsp;<BR>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp; OG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gd_17&nbsp;&nbsp;<BR>

&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp; OG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; P&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gd_12<BR>

&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp; OG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; P&nbsp;&nbsp; O1P&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gd_11<BR>

&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp; OG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; P&nbsp;&nbsp; O2P&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gd_11<BR>

&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp; OG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; P&nbsp;&nbsp; O3P&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gd_11<BR>

~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~<BR>

in ffG43a1.hdb<BR>

PSE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<BR>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OG &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA<BR>

~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~<BR>

</FONT>

</P>


</BODY>

</HTML>