Hello List!<br>
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I am a rank new user of gromacs. I could use the Drug-Enzyme complex tutorial and run the simulation given in that.<br>
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However, I am attempting to run it on protein of my choice now. Also I
would like to use the OPLS ff. I am encountering a difficulty here.
When I make the ligand .gro file using the PRODRG server at Dundee, I
think the server uses Gromacs ff. Obviously when I incorporate this
ligand .top file into my protein and use the .itp file thrown out by
PRODRG, the program ends because of conflict where it says 'ATOM type O
not found' or similar. I think the trouble is my topology file of the
protein was created with opls where as that of logand was done with
gmx. How do I overcome this difficulty? <br>
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Thanks for your patient reading and any help.<br>
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Best Regards<br>
Ramesh Sistla<br>