<HTML><HEAD><META content="text/html; charset=x-user-defined" http-equiv="Content-Type"><style type="text/css"><!--.MailHeader { font-family: "Arial"; font-size: 8pt; color: #000000; font-style: normal; font-weight: normal; text-decoration: none; }//--></style></HEAD><BODY><P>Thank you for your kind reply. I tried conjugate gradient but it is not running. It gives error that it can't prform conjugate gradient minimization.</P>
<P>Rahul Karyappa<BR></P><FONT face=Arial size=2>
<TABLE STYLE="PADDING-LEFT: 5px; BORDER-BOTTOM-COLOR: blue; BORDER-LEFT: blue 1px solid; BORDER-TOP-COLOR: blue; BORDER-RIGHT-COLOR: blue">
<TBODY>
<TR>
<TD><B><I>-- Original Message --</I></B><BR>From: &lt;leafyoung81-group@yahoo.com&gt;<BR>To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<BR>Date: Thu, 8 Sep 2005 05:41:31 -0700 (PDT)<BR>Subject: Re: [gmx-users] MDRUN errors<BR><BR><BR><BR><BR>--- Rahul Karyappa &lt;r.karyappa@ncl.res.in&gt; wrote:<BR><BR>&gt;<BR><BR>&gt; Dear all,<BR>&gt;<BR><BR>&gt; I created .gro and .top files for my structure<BR>&gt; with<BR>&gt; 48 repeat units of polymer surrounded by sodium ions<BR>&gt; and water. First I<BR>&gt; carried out energy minimization by steepest descents<BR>&gt; and then I ran MD<BR>&gt; for 2ps (40 steps). It runs upto 40 steps properly<BR>&gt; and then it<BR>2/40 = 0.05ps = 50fs. Time step is too big for MD.<BR>Normally, 1 to 2fs.<BR>&gt; starts giving errors as follows:<BR>&gt;<BR><BR>&gt; starting mdrun 'Protein'<BR>&gt;<BR><BR>&gt; 1000 steps, 2.0 ps.<BR>&gt;<BR><BR>&gt;<BR><BR>&gt; step 40, remaining runtime: 23<BR>&gt; s <BR><BR>&gt; Warning: 1-4 interaction between 294 and 297 at<BR>&gt; distance larger than 1<BR>&gt; nm<BR>&gt;<BR><BR>&gt; These are ignored for the rest of the simulation<BR>&gt;<BR><BR>&gt; turn on -debug for more information<BR>&gt;<BR><BR>&gt; step 50, remaining runtime: 18<BR>&gt; s <BR><BR>&gt; Wrote pdb files with previous and current<BR>&gt; coordinates<BR>&gt;<BR><BR>&gt; Wrote pdb files with previous and current<BR>&gt; coordinates<BR>&gt;<BR><BR>&gt;<BR><BR>&gt; Back Off! I just backed up step55.pdb to<BR>&gt; ./#step55.pdb.1#<BR>&gt;<BR><BR>&gt; Wrote pdb files with previous and current<BR>&gt; coordinates<BR>&gt;<BR><BR>&gt;<BR><BR>&gt; Back Off! I just backed up step56.pdb to<BR>&gt; ./#step56.pdb.1#<BR>&gt;<BR><BR>&gt; Wrote pdb files with previous and current<BR>&gt; coordinates<BR>&gt;<BR><BR>&gt; ...<BR>&gt;<BR><BR>&gt; Back Off! I just backed up step60.pdb to<BR>&gt; ./#step60.pdb.1#<BR>&gt;<BR><BR>&gt; Wrote pdb files with previous and current<BR>&gt; coordinates<BR>&gt;<BR><BR>&gt; Fatal error: ci = -2147483648 should be in 0 .. 1330<BR>&gt; [FILE nsgrid.c, LINE 218]<BR>&gt;<BR><BR>&gt;<BR><BR>&gt; Also when I ran steepest descents the messages I got<BR>&gt; were as follows:<BR>&gt;<BR><BR>&gt;<BR><BR>&gt; Step= 44, Dmax= 1.2e-04 nm, Epot= -1.10077e+05<BR>&gt; Fmax= 2.65510e+03, atom= 725<BR>&gt;<BR><BR>&gt; Step= 52, Dmax= 1.1e-06 nm, Epot= -1.10077e+05<BR>&gt; Fmax= 3.00823e+03, atom= 8860<BR>&gt;<BR><BR>&gt; Stepsize too small, or no change in energy.<BR>&gt;<BR><BR>&gt; Converged to machine precision,<BR>&gt;<BR><BR>&gt; but not to the requested precision Fmax &lt; 1000<BR>&gt;<BR><BR>&gt;<BR><BR>&gt; Double precision normally gives you higher accuracy.<BR>&gt;<BR><BR>&gt; You might need to increase your constraint accuracy,<BR>&gt; or turn<BR>&gt;<BR><BR>&gt; off constraints alltogether (set constraints = none<BR>&gt; in mdp file)<BR>&gt;<BR><BR>&gt;<BR><BR>&gt; writing lowest energy coordinates.<BR>&gt;<BR><BR>&gt;<BR><BR>&gt; Back Off! I just backed up steep.trr to<BR>&gt; ./#steep.trr.1#<BR>&gt;<BR><BR>&gt;<BR><BR>&gt; Back Off! I just backed up steepout.gro to<BR>&gt; ./#steepout.gro.1#<BR>&gt;<BR><BR>&gt;<BR><BR>&gt; Steepest Descents converged to machine precision in<BR>&gt; 53 steps,<BR>&gt;<BR><BR>&gt; but did not reach the requested Fmax &lt; 1000.<BR>&gt;<BR><BR>&gt; Potential Energy = -1.1007694e+05<BR>&gt;<BR><BR>&gt; Maximum force = 2.6551050e+03 on atom 725<BR>&gt;<BR><BR>&gt; Norm of force = 1.0160128e+05<BR>&gt;<BR><BR>&gt;<BR>This is not an error. Try other em methods or proceed<BR>to equilibrium.<BR><BR>&gt; Where am I going wrong? Please tell me. Thanking you<BR>&gt; in advance.<BR>&gt;<BR><BR>&gt;<BR><BR>&gt; Rahul Karyappa<BR>&gt;<BR><BR>&gt; NCL, Pune<BR>&gt;<BR><BR>&gt;<BR><BR>&gt;<BR><BR>&gt;<BR><BR>&gt;<BR><BR>&gt;<BR><BR>&gt;<BR><BR>&gt;<BR>*****************************************************************<BR>&gt; This email is virus free by TrendMicro Inter Scan<BR>&gt; Security Suite.<BR>&gt;<BR>*****************************************************************&gt;<BR>_______________________________________________<BR>&gt; gmx-users mailing list<BR>&gt; gmx-users@gromacs.org<BR>&gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the<BR>&gt; list. Use the<BR><BR>&gt; www interface or send it to<BR>gmx-users-request@gromacs.org.<BR><BR>_______________________________________________<BR>gmx-users mailing list<BR>gmx-users@gromacs.org<BR>http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<BR><BR>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<BR><BR>*****************************************************************<BR>This email is virus free by TrendMicro Inter Scan Security Suite.<BR>*****************************************************************<BR></TD></TR></TBODY></TABLE></FONT></BODY></HTML>
<table><tr><td bgcolor=#ffffff><font color=#000000>*****************************************************************<br>
This email is virus free by TrendMicro Inter Scan Security Suite.<br>
*****************************************************************<br>
</font></td></tr></table>