
<HTML><HEAD><META content="text/html; charset=x-user-defined" http-equiv="Content-Type"><style type="text/css"><!--.MailHeader { font-family: "Arial"; font-size: 8pt; color: #000000; font-style: normal; font-weight: normal; text-decoration: none; }//--></style></HEAD><BODY><font size="2">Dear all, <br>

&nbsp;&nbsp; I want to know the&nbsp; end-to-end distance of my chain

which is surrounded by ions and water molecules. I used g_mindist

command to get the values. But I am confused while selecting the

groups. The following window occurs:<br>

<br>

How many other groups do you want (&gt;= 1) ?<br>

1<br>

Reading file topol.tpr, VERSION 3.2.1 (single precision)<br>

Reading file topol.tpr, VERSION 3.2.1 (single precision)<br>

Opening library file /usr/local/gromacs/share/top/aminoacids.dat<br>

Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; System) has&nbsp; 9369 elements<br>

Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Protein) has&nbsp;&nbsp; 288 elements<br>

Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2 (&nbsp;&nbsp; Protein-H) has&nbsp;&nbsp; 288 elements<br>

Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C-alpha) has&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0 elements<br>

Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4 (&nbsp;&nbsp;&nbsp; Backbone) has&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0 elements<br>

Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5 (&nbsp;&nbsp; MainChain) has&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0 elements<br>

Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6 (MainChain+Cb) has&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0 elements<br>

Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7 ( MainChain+H) has&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0 elements<br>

Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8 (&nbsp;&nbsp; SideChain) has&nbsp;&nbsp; 288 elements<br>

Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9 ( SideChain-H) has&nbsp;&nbsp; 288 elements<br>

Group&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10 ( Prot-Masses) has&nbsp;&nbsp; 288 elements<br>

Group&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11 ( Non-Protein) has&nbsp; 9081 elements<br>

Group&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SOL) has&nbsp; 9081 elements<br>

Group&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Other) has&nbsp; 9081 elements</font><br>

<br>

But how to choose the groups?<br>

Waiting for your kind reply.<br>

<br>

Rahul Karyappa<br>

NCL, Pune<br>


</BODY></HTML>

<table><tr><td bgcolor=#ffffff><font color=#000000>*****************************************************************<br>

This email is virus free by TrendMicro Inter Scan Security Suite.<br>

*****************************************************************<br>

</font></td></tr></table>