<DIV>you need to define a new .ndx which include the no. for the atoms. feed this .ndx file to g_mindist or g_bond with -n option.</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Yang Ye</DIV>
<DIV><B><I></I></B>&nbsp;</DIV>
<DIV><B><I>Rahul Karyappa &lt;r.karyappa@ncl.res.in&gt;</I></B> wrote:</DIV>
<BLOCKQUOTE class=replbq style="PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px; BORDER-LEFT: #1010ff 2px solid">
<P>
<STYLE type=text/css><!--.MailHeader { font-family: "Arial"; font-size: 8pt; color: #000000; font-style: normal; font-weight: normal; text-decoration: none; }//--></STYLE>
<FONT size=2>Dear all, <BR>&nbsp;&nbsp; I want to know the&nbsp; end-to-end distance of my chain which is surrounded by ions and water molecules. I used g_mindist command to get the values. But I am confused while selecting the groups. The following window occurs:<BR><BR>How many other groups do you want (&gt;= 1) ?<BR>1<BR>Reading file topol.tpr, VERSION 3.2.1 (single precision)<BR>Reading file topol.tpr, VERSION 3.2.1 (single precision)<BR>Opening library file /usr/local/gromacs/share/top/aminoacids.dat<BR>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; System) has&nbsp; 9369 elements<BR>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Protein) has&nbsp;&nbsp; 288 elements<BR>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2 (&nbsp;&nbsp; Protein-H) has&nbsp;&nbsp; 288 elements<BR>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C-alpha) has&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0 elements<BR>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4 (&nbsp;&nbsp;&nbsp; Backbone)
 has&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0 elements<BR>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5 (&nbsp;&nbsp; MainChain) has&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0 elements<BR>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6 (MainChain+Cb) has&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0 elements<BR>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7 ( MainChain+H) has&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0 elements<BR>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8 (&nbsp;&nbsp; SideChain) has&nbsp;&nbsp; 288 elements<BR>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9 ( SideChain-H) has&nbsp;&nbsp; 288 elements<BR>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10 ( Prot-Masses) has&nbsp;&nbsp; 288 elements<BR>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11 ( Non-Protein) has&nbsp; 9081 elements<BR>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SOL) has&nbsp; 9081 elements<BR>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Other) has&nbsp; 9081 elements</FONT></P>
<P><BR><BR>But how to choose the groups?<BR>Waiting for your kind reply.<BR><BR>Rahul Karyappa<BR>NCL, Pune<BR></P>
<TABLE>
<TBODY>
<TR>
<TD bgColor=#ffffff><FONT color=#000000>*****************************************************************<BR>This email is virus free by TrendMicro Inter Scan Security Suite.<BR>*****************************************************************<BR></FONT></TD></TR></TBODY></TABLE>_______________________________________________<BR>gmx-users mailing list<BR>gmx-users@gromacs.org<BR>http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <BR>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.</BLOCKQUOTE>