<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
<head>
  <meta content="text/html;charset=ISO-8859-1" http-equiv="Content-Type">
  <title></title>
</head>
<body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
Hi all,<br>
I am new in this mailing list and I have a quick question:<br>
given a protein and a membrane, I followed one of the howto around the
web for setting up the system using vmd.<br>
fine. <br>
I don't know if it is a gromacs issue, but I am interested to measure
the angle between the protein-axis and the membrane surface.<br>
Is there any tool for doing that? Then, how can I monitor the angle
variation versus time using gromacs? Or do I need to make a my own
script for that?<br>
<br>
Thanks in advance<br>
<br>
Regards,<br>
<br>
andrea<br>
<div class="moz-signature">-- <br>
-------------------------------<br>
Andrea Spitaleri <br>
Dulbecco Telethon Institute<br>
c/o DIBIT Scientific Institute<br>
Biomolecular NMR, 1B4<br>
Via Olgettina 58<br>
20132 Milano (Italy)<br>
<a href="http://www.spreadfirefox.com/?q=affiliates&amp;id=0&amp;t=85"><img
 alt="Get Firefox!" title="Get Firefox!"
 src="cid:part1.04080704.05060401@hsr.it" border="0"></a><br>
-------------------------------
</div>
</body>
</html>