<HTML><HEAD><META content="text/html; charset=x-user-defined" http-equiv="Content-Type"><style type="text/css"><!--.MailHeader { font-family: "Arial"; font-size: 8pt; color: #000000; font-style: normal; font-weight: normal; text-decoration: none; }//--></style></HEAD><BODY>
As you told I first created index file by using make_ndx command as
follows ( here I selected group 1 and entered q to save and quit).<br>
<br>
<font size="2">There are:&nbsp; 3027&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OTHER residues<br>
There are:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; PROTEIN residues<br>
There are:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; DNA residues<br>
Analysing Protein...<br>
Analysing Other...<br>
<br>
&nbsp; 0 System&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp; 9369 atoms<br>
&nbsp; 1 Protein&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp;&nbsp; 288 atoms<br>
&nbsp; 2 Protein-H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp;&nbsp; 288 atoms<br>
&nbsp; 3 C-alpha&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0 atoms<br>
&nbsp; 4 Backbone&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0 atoms<br>
&nbsp; 5 MainChain&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0 atoms<br>
&nbsp; 6 MainChain+Cb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0 atoms<br>
&nbsp; 7 MainChain+H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0 atoms<br>
&nbsp; 8 SideChain&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp;&nbsp; 288 atoms<br>
&nbsp; 9 SideChain-H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp;&nbsp; 288 atoms<br>
&nbsp;10 Prot-Masses&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp;&nbsp; 288 atoms<br>
&nbsp;11 Non-Protein&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp; 9081 atoms<br>
&nbsp;12 SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp; 9081 atoms<br>
&nbsp;13 Other&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp; 9081 atoms<br>
<br>
&nbsp;nr : group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; !&nbsp;&nbsp;
'name' nr name&nbsp;&nbsp; 'splitch' nr&nbsp;&nbsp;&nbsp; 'l': list
residues<br>
&nbsp;'a': atom&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
&amp;&nbsp;&nbsp; 'del'
nr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 'splitres'
nr&nbsp;&nbsp; 'h': help<br>
&nbsp;'t': atom type&nbsp;&nbsp; |&nbsp;&nbsp; 'keep' nr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 'splitat' nr<br>
&nbsp;'r': residue&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
'res': group res 'chain' char&nbsp;&nbsp;&nbsp; 'q': save and quit<br>
&nbsp;"name": group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 'case':
case
sensitive&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
'v': verbose output<br>
<br>
&gt; 'protein'<br>
<br>
Copied index group 1 'Protein'<br>
<br>
&nbsp;14 Protein&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp;&nbsp; 288 atoms<br>
&gt; q<br>
<br>
<font size="3">Then I used g_mindist command to get the end-to-end distance of the polymer chain as follows:<br>
<font size="2"><br>
You can compute the distances between a first group<br>
and a number of other groups.<br>
How many other groups do you want (&gt;= 1) ?<br>
1<br>
Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; System) has&nbsp; 9369 elements<br>
Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Protein) has&nbsp;&nbsp; 288 elements<br>
Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2 (&nbsp;&nbsp; Protein-H) has&nbsp;&nbsp; 288 elements<br>
Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C-alpha) has&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0 elements<br>
Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4 (&nbsp;&nbsp;&nbsp; Backbone) has&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0 elements<br>
Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5 (&nbsp;&nbsp; MainChain) has&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0 elements<br>
Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6 (MainChain+Cb) has&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0 elements<br>
Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7 ( MainChain+H) has&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0 elements<br>
Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8 (&nbsp;&nbsp; SideChain) has&nbsp;&nbsp; 288 elements<br>
Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9 ( SideChain-H) has&nbsp;&nbsp; 288 elements<br>
Group&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10 ( Prot-Masses) has&nbsp;&nbsp; 288 elements<br>
Group&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11 ( Non-Protein) has&nbsp; 9081 elements<br>
Group&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SOL) has&nbsp; 9081 elements<br>
Group&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Other) has&nbsp; 9081 elements<br>
Group&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Protein) has&nbsp;&nbsp; 288 elements<br>
Select a group: 1<br>
Selected 1: 'Protein'<br>
Select a group: 1<br>
Selected 1: 'Protein'<br>
Reading frame&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0 time&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000<br>
Back Off! I just backed up mindist.xvg to ./#mindist.xvg.1#<br>
Last frame&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1000 time 1000.000</font><br>
<br>
Is this correct or I am doing wrong? PLease help me out.<br>
Thanking you in advance.<br>
<br>
Rahul Karyappa<br>
NCL, Pune<br>
</font><br>
<br>
<br>
<br>
</font><font face="Arial" size="2"><TABLE STYLE="border-color: blue; border-left: 1px solid blue; padding-left: 5px;"><tbody><TR><TD><br>
</TD></TR></tbody></TABLE></font></BODY></HTML>
<table><tr><td bgcolor=#ffffff><font color=#000000>*****************************************************************<br>
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</font></td></tr></table>