Hi, recently I tried to compile pmetest.c (under src/contrib) but
failed. After checking the source file, I did the following modifcation:<br>
from&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
init_forcerec(stdlog,fr,&amp;ir,&amp;top,cr,mdatoms,nsb,box,FALSE,NULL,FALSE);<br>
change to&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;
init_forcerec(stdlog,fr,&amp;ir,&amp;top,cr,mdatoms,nsb,box,FALSE,NULL,NULL,FALSE);
<br>
<br>
Now the program is running perfectly. I&nbsp; am not sure whether this is right way of fixing it.<br>
<br>
Also I have the following questions related to pmetest.c:<br>
1, with the groups flag on, what does it mean to calculate half an energy matrix?<br>
2, what is the detailed algorithm to generate PME (coul-LR) for each energy group? Was there a fftw for each group actually?<br>
3, what is the orger of output in ener-pme.xvg? Is it 00 01 02 11 12 22, if there are three energy groups?<br>
4, the total PME energy is still not identical to the Coul-LR from the
original energy file, offset by ~200 KJ/mol? Is this related to the
digital error or difference parallel execution (4-nodes for original MD
and 1 node for pmetest)?<br>
<br>
Thank you in advance.<br>
<br>
Lei Zhou<br>
Columbia University, NY<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>