<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=iso-8859-1">
<META content="MSHTML 6.00.2900.2722" name=GENERATOR>
<STYLE></STYLE>
</HEAD>
<BODY bgColor=#ffffff>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Hi, all, </FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>We would like to calculate the free energy of 
binding for two species in water with Gromacs. Basically the reaction of 
interest is like:&nbsp; A + B --&gt; complex, and we want the free energy of 
reaction (binding), delta G. </FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>We tried the LIE method first, but no good results 
have been yielded. We are thinking of using the FEP approach, but, we are not 
sure&nbsp;on&nbsp;how to&nbsp;perform&nbsp;such calculation.&nbsp; Should I use 
a thermodynamic cycle like this: </FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>A (vacuo) &nbsp;+&nbsp; B (vacu0)&nbsp; ---&gt; 
Complex (vacu0)&nbsp;&nbsp; delta_G1</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial 
size=2>&nbsp;|&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
|&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
|</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial 
size=2>&nbsp;|&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
|&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;|</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>A (Sol)&nbsp;&nbsp;&nbsp; +&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
B&nbsp; (Sol)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;-----&gt;&nbsp; complex 
(solvent)&nbsp;&nbsp; delta G</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>So, Delta G = Delta_G1 - Delta_solv(A) - 
Delta_solv(B) - Delta_solv(complex)</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Can I get the free energy of binding directly 
without having to calculation all these solvation energies, and the gas phase 
binding energies? </FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Thanks a lot for the help, </FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Terri</FONT></DIV></BODY></HTML>