<html><div style='background-color:'><DIV class=RTE>Dear All,</DIV>
<DIV class=RTE>I'm trying to carried out a MD simulation on a short RNA molecule (It's the first time that I work on such molecules). I've downloaded the Force Field ffoplsaanr from the web page <A href="http://rnp-group.genebee.msu.su/3d/oplsa_ff.html">http://rnp-group.genebee.msu.su/3d/oplsa_ff.html</A>. Then I've copied the new Force Field files in the GROMACS Force Fiel directory, but when I run pdb2gmx command I'm not able to find the new Force Field. How can I do?</DIV>
<DIV class=RTE>&nbsp;</DIV>
<DIV class=RTE>Another question: In the web page <FONT color=#800080><U>group.genebee.msu.su/3d/oplsa_ff.html</U></FONT><FONT color=#000000> I've found "Add records for RNA 3' and 5' ends (for DNA it has already been added)". What does it means?</FONT></DIV>
<DIV class=RTE>&nbsp;</DIV>
<DIV class=RTE>Thanks in advance,</DIV>
<DIV class=RTE>Vincenzo</DIV></div><br clear=all><hr>Condivi foto, pensieri ed altro ancora creando il tuo Blog su MSN Spaces. <a href="http://g.msn.com/8HMBITIT/2746??PS=47575" target="_top">E' gratis!</a> </html>