<html><div style='background-color:'><DIV class=RTE>
<P>Yes, I am using the -ff option of pdb2gmx command</P>
<P>Regards<BR><BR></P></DIV>
<DIV></DIV>
<BLOCKQUOTE style="PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px; BORDER-LEFT: #a0c6e5 2px solid; MARGIN-RIGHT: 0px"><FONT style="FONT-SIZE: 11px; FONT-FAMILY: tahoma,sans-serif">
<HR color=#a0c6e5 SIZE=1>

<DIV></DIV>From:&nbsp;&nbsp;<I>Maik Goette &lt;mgoette@mpi-bpc.mpg.de&gt;</I><BR>Reply-To:&nbsp;&nbsp;<I>Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;</I><BR>To:&nbsp;&nbsp;<I>Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;</I><BR>Subject:&nbsp;&nbsp;<I>Re: [gmx-users] RNA</I><BR>Date:&nbsp;&nbsp;<I>Wed, 28 Sep 2005 12:30:40 +0200</I><BR>&gt;Are you using the -ff flag ?<BR>&gt;<BR>&gt;regards<BR>&gt;<BR>&gt;Maik Goette, Dipl. Biol.<BR>&gt;Max Planck Institute for Biophysical Chemistry<BR>&gt;Theoretical &amp; computational biophysics department<BR>&gt;Am Fassberg 11<BR>&gt;37077 Goettingen<BR>&gt;Germany<BR>&gt;Tel.&nbsp;&nbsp;: ++49 551 201 2310<BR>&gt;Fax&nbsp;&nbsp; : ++49 551 201 2302<BR>&gt;Email : mgoette[at]mpi-bpc.mpg.de<BR>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mgoette2[at]gwdg.de<BR>&gt;WWW&nbsp;&nbsp; : 
http://www.mpibpc.gwdg.de/groups/grubmueller/<BR>&gt;<BR>&gt;<BR>&gt;vincenzo venditti wrote:<BR>&gt;&gt;Dear All,<BR>&gt;&gt;I'm trying to carried out a MD simulation on a short RNA molecule <BR>&gt;&gt;(It's the first time that I work on such molecules). I've <BR>&gt;&gt;downloaded the Force Field ffoplsaanr from the web page <BR>&gt;&gt;http://rnp-group.genebee.msu.su/3d/oplsa_ff.html. Then I've copied <BR>&gt;&gt;the new Force Field files in the GROMACS Force Fiel directory, but <BR>&gt;&gt;when I run pdb2gmx command I'm not able to find the new Force <BR>&gt;&gt;Field. How can I do?<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;Another question: In the web page <BR>&gt;&gt;_group.genebee.msu.su/3d/oplsa_ff.html_ I've found "Add records for <BR>&gt;&gt;RNA 3' and 5' ends (for DNA it has already been added)". What does <BR>&gt;&gt;it means?<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;Thanks in 
advance,<BR>&gt;&gt;Vincenzo<BR>&gt;&gt;<BR>&gt;&gt;------------------------------------------------------------------------<BR>&gt;&gt;Condivi foto, pensieri ed altro ancora creando il tuo Blog su MSN <BR>&gt;&gt;Spaces. E' gratis! &lt;http://g.msn.com/8HMBITIT/2746??PS=47575&gt;<BR>&gt;&gt;<BR>&gt;&gt;<BR>&gt;&gt;------------------------------------------------------------------------<BR>&gt;&gt;<BR>&gt;&gt;_______________________________________________<BR>&gt;&gt;gmx-users mailing list<BR>&gt;&gt;gmx-users@gromacs.org<BR>&gt;&gt;http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>&gt;&gt;Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www <BR>&gt;&gt;interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<BR>&gt;_______________________________________________<BR>&gt;gmx-users mailing 
list<BR>&gt;gmx-users@gromacs.org<BR>&gt;http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>&gt;Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www <BR>&gt;interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<BR></FONT></BLOCKQUOTE></div><br clear=all><hr> Hai bisogno di una risposta immediata?  <a href="http://g.msn.com/8HMBITIT/2743??PS=47575" target="_top">Prova MSN Messenger.</a> </html>