Dear Gromacs users,<br>
<br>
I started from a file <span style="font-weight: bold;">1WFA.pdb</span>, and after using the command <br>
<span style="font-weight: bold;">pdb2gmx -f 1WFA.pdb -p WFA.top -o WFA.gro</span><br>
I expected to have the file <span style="font-weight: bold;">WFA.gro</span><br>
However, this fatal error message appears:<span style="font-weight: bold;"> Fatal error: atom C not found in residue 38NH2 while combining tdb and rtp<br>
</span>Probably for this reason the file WFA.gro was not created! But the <span style="font-weight: bold;">WFA.top </span>and the&nbsp; <span style="font-weight: bold;">WFA_A.itp </span>were created!<br>
I really would like to create this .gro file, once I read this kind of
file is better than the .pdb ... I donīt think the command is wrong...
and I started from a pdb file already created! So what is the problem?
How can I correct this? <br>
So please, if anyone knows what should I do to have this .gro file it would be nice.<br>
<br>
Thank you very much in advance,<br>
Fernando.<br>
<span style="font-weight: bold;"></span>