<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=iso-8859-1">
<TITLE>Nachricht</TITLE>

<META content="MSHTML 6.00.2800.1515" name=GENERATOR></HEAD>
<BODY text=#000000 bgColor=#ffffff>
<DIV><FONT face=Arial color=#0000ff size=2><SPAN class=718561612-29092005>Hello 
Jeroen,</SPAN></FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial color=#0000ff size=2><SPAN 
class=718561612-29092005></SPAN></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial color=#0000ff size=2><SPAN class=718561612-29092005>try 
somthing like:</SPAN></FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial color=#0000ff size=2><SPAN 
class=718561612-29092005></SPAN></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial color=#0000ff size=2><SPAN 
class=718561612-29092005>&gt;lamboot 
machinefile.input&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
(to start MPI on all nodes specified in the input file)</SPAN></FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial color=#0000ff size=2><SPAN 
class=718561612-29092005></SPAN></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial color=#0000ff size=2><SPAN 
class=718561612-29092005>&gt;lamnodes&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
(to see, if every node is really there)</SPAN></FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial color=#0000ff size=2><SPAN 
class=718561612-29092005></SPAN></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial color=#0000ff size=2><SPAN 
class=718561612-29092005>&gt;mpirun n0-1 mdrun_mpi -v -np 2&nbsp;... (to start 
the job on cpu0 and cpu1)</SPAN></FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial color=#0000ff size=2><SPAN 
class=718561612-29092005></SPAN></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial color=#0000ff size=2><SPAN class=718561612-29092005>In my 
experience&nbsp;mpi&nbsp;AND mdrun like to know, that they shall run the job on 
two cpu's.</SPAN></FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial color=#0000ff size=2><SPAN 
class=718561612-29092005></SPAN></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial color=#0000ff size=2><SPAN class=718561612-29092005>Best 
regards,</SPAN></FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial color=#0000ff size=2><SPAN 
class=718561612-29092005></SPAN></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial color=#0000ff size=2><SPAN 
class=718561612-29092005></SPAN></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial color=#0000ff size=2><SPAN 
class=718561612-29092005>Jens</SPAN></FONT></DIV>
<BLOCKQUOTE dir=ltr style="MARGIN-RIGHT: 0px">
  <DIV></DIV>
  <DIV class=OutlookMessageHeader lang=de dir=ltr align=left><FONT face=Tahoma 
  size=2>-----Ursprüngliche Nachricht-----<BR><B>Von:</B> 
  gmx-users-bounces@gromacs.org [mailto:gmx-users-bounces@gromacs.org] <B>Im 
  Auftrag von </B>Jeroen Mesters<BR><B>Gesendet:</B> Donnerstag, 29. September 
  2005 14:06<BR><B>An:</B> gmx-users@gromacs.org<BR><B>Betreff:</B> [gmx-users] 
  expected it to be for 1 nodes<BR><BR></FONT></DIV>Machine: <B>dual</B> 
  processor dell precision 650 with SuSE linux 9.2<BR>Software: <B>1)</B> mpich 
  installed, machines file constructed, mpd started <B>2)</B> compiled gromacs 
  twice, once with and once without --enable-mpi (using mpich). So, I ended up 
  with two programmes, mdrun_mpi and mdrun. The program versions are different 
  in size which I would expect... Indeed, one program was compiled with cc and 
  the other with mpicc (no errors during compilation).<BR><BR>Step 1: grompp -np 
  2 -f full.mdp -c after_pr_CA.gro -p ph5.top -n index.ndx -o 2cpu.tpr<BR>Step 
  2: mdrun_mpi -np 2 -s 2cpu.tpr&nbsp; &gt;&gt;&gt;&gt; Fatal error: run input 
  file 2cpu.tpr was made for 2 nodes, while mdrun_mpi expected it to be for 1 
  nodes.<BR><BR>Question 1. Are my commands correct i.e. is this the proper why 
  to start?<BR>Question 2. Can this work at all or do I really need <B>2</B> 
  computers (2 nodes)? <BR><BR><BR>Thanx for any hints, Jeroen.<BR>-- <BR><PRE class=moz-signature cols="72">Jeroen Raymundus Mesters, Ph.D.
Institut fuer Biochemie, Universitaet zu Luebeck
Ratzeburger Allee 160, D-23538 Luebeck
Tel: +49-451-5004070, Fax: +49-451-5004068
E-mail: <A class=moz-txt-link-abbreviated href="mailto:mesters@biochem.uni-luebeck.de">mesters@biochem.uni-luebeck.de</A>
<A class=moz-txt-link-freetext href="Http://www.biochem.uni-luebeck.de">Http://www.biochem.uni-luebeck.de</A>
--
If you can look into the seeds of time and say
which grain will grow and which will not - speak then to me  (Macbeth)
--
</PRE></BLOCKQUOTE></BODY></HTML>