Dear Users,<br>
I have encountered a problem with g_wham and I will appreciate any help regarding this.<br>
<br>
I tried to do umbrella sampling using pull code. I have got pull.pdo file.<br>
then when I type the command<br>
g_wham pull.pdo<br>
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i get an error saying that my .pdo file is not a .pdo file? I checked the source code. there is a <br>
mismatch between the word UMBRELLA and Buffer1 which reads from .pdo file and Buffer1 should <br>
be UMBRELLA too. Can anybody pls. tell me how to use the g_wham if I am giving the wrong command.<br>
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<br>
The intial few lines of my pull.pdo file<br>
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# UMBRELLA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.0<br>
# Component selection: 1 1 1<br>
# nSkip 10<br>
# Ref. Group 'DNA'<br>
# Nr. of pull groups 1<br>
# Group 1 'DM1'&nbsp; Umb. Pos. -0.312000 -0.949000 0.051000&nbsp; Umb. Cons. 1000.000000 1000.000000 1000.000000<br>
#####<br>
0.000000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
0.271045&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
0.818249&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.784236<br>
0.020000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
0.271507&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
0.817984&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.783464<br>
0.040000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
0.272017&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
0.817565&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.782536<br>
0.060000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
0.272681&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
0.817110&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.781317<br>
0.080000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
0.273403&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
0.816726&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.779726<br>
0.100000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
0.274028&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
0.816400&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.777928<br>
0.120000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
0.274420&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
0.816246&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.776361<br>
0.140000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
0.274662&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
0.816204&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.775056<br>
.....<br>
......<br>
g_wham pull.pdo<br>
The error is (after the gromacs user commands)<br>
<br>
Opening file pull.pdo.<br>
&nbsp;<br>
gunzip: stdin: not in gzip format<br>
-------------------------------------------------------<br>
Program g_wham, VERSION 3.3_beta_20050202<br>
Source code file: gmx_wham.c, line: 90<br>
&nbsp;<br>
Fatal error:<br>
This does not appear to be a valid pdo file<br>
&nbsp;<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
Thanking in anticipation of your reply,<br>
&nbsp;<br>
<br>
with best regards<br>
<br clear="all"><br>-- <br>Arnab Mukherjee<br>post doctorate<br>Chimie<br>Ecole Normale Superieure<br><br>