Dear gromacs users,<br>
<br>
I have doubts about parameter file: Should I use the same parameter
file before and after the energy minimization or do I have to change
it? And if I create a solvent box do I have to change anything in my
parameter file? I am following the Introduction to Molecular Dynamics
course on <a href="http://md.chem.rug.nl/education/mdcourse2004">http://md.chem.rug.nl/education/mdcourse2004</a> and in this
course they used 2 different parameter files... Thatīs why I am asking
these things.<br>
<br>
Thank you very much in advance!<br>
Fernando Mattio<br>