Hi Gmx users,<br>
I have fairly simple question.<br>
I have a system of DPPC bilayer with water on the top and bottom. I was<br>
wondering whether there is any way to increase the system size in<br>
Z-direction and filling them with waters i.e., initially If i have 6 by 6<br>
by 6 nanometer cube, with 1nm of water above and below the bilayer, what is<br>
the easiest way to make it 6 by 6by 10nm(increasing waters to 3nm above and<br>
below). If I remove waters initially, increase the system size to 6 by 6 by<br>
10, and then solvate it using genconf -cp aaa.gro -cs conf.gro , the<br>
problem is that there are waters inbetween the bilayer.And I believe I
have to run MD until all the waters go out of the bilayer.<br>
&nbsp;I thought maybe there is genconf or some routine may help me, but I dont know how?<br>
Thanks in advance.<br>
Sri.<br><br>