<br>Xie Yinghong,<br><br>First, forget the idea that trjconv has
anything to do with the box in your simulation. It is only concerned
with the representation of your system afterwards (for visualization).
If your system crashes, it has nothing to do with trjconv. <br><br>Second,
forget the idea of a 'box' in your simulation. You have a single
simulation system, which is replicated over the three lattice vectors
defined by the nine numbers at the end of the .gro file. The shape of
your simulation system can be choosen freely (hexagonal prism,
rectangular, non-convex), the resulting infinite simulation system
formed by the central unit cell and its replicates will be the same.<br><br>Please
DO read chapter three of the manual and have a look at Bekker, H. J
Comput Chem 18:1930 (1997) Also, check the Gromacs archives for
anything to do with PBC or 'system explodes'<br>
<br>
If your simulation crashed, it has to do with what you feed to mdrun,
and what happens there. What you do afterwards doesn't make a
difference. It may be that you have a problem with the topology of your
system. Also, it may be that in setting up your system, you have chosen
a set of lattice vectors, which lead to overlap of atoms, which is
always a good reason for a simulation to crash.<br>
<br>
In order to help you further, we would need to know if grompp gave
warnings during the generation of the .tpr file. Also, it would be
helpful to see the last few lines of the .log file from mdrun. You
should check for yourself whether your system had overlaps before
starting the simulation, which you can do by using genconf to replicate
your system a few times. <br><br>
btw. Reply to the Gromacs user list and not to individuals, as it will
allow more people to answer your questions and later read them in the
archives.<br>
<br>
Tsjerk<br>
<br>-- <br><br>Tsjerk A. Wassenaar, M.Sc.<br>Groningen Biomolecular Sciences and Biotechnology Institute (GBB)<br>Dept. of Biophysical Chemistry<br>University of Groningen<br>Nijenborgh 4<br>9747AG Groningen, The Netherlands
<br>+31 50 363 4336<br>