
<HTML><BODY style="word-wrap: break-word; -khtml-nbsp-mode: space; -khtml-line-break: after-white-space; ">Hi Sebastien,<DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV><BR><DIV><DIV>On Oct 12, 2005, at 5:25 AM, Sebastien Gerega wrote:</DIV><BR class="Apple-interchange-newline"><BLOCKQUOTE type="cite"><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Hi all,</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">I am pretty new to Gromacs and MDS in general... I am trying to run a simulation on a docked system (<A href="http://www.members.optushome.com.au/sebkg/test.pdb">http://www.members.optushome.com.au/sebkg/test.pdb</A>) and have tried several variations of what seem to be pretty standard settings to me but when I go to run the EM I get the following:</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">step 0 warning: 1-4 interaction between 725 and 730 at a distance 1.842 which is larger than the 1-4 table size 1.000 nm</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">These are ignored for the rest of the simulation</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">This usually means your system is exploding, if not, you should increase table-extension in your mdp file</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Step 1 Warning: pressure scaling more than 1%, mu: 1.02036 1.02036 1.02036</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Segmentation fault</DIV></BLOCKQUOTE></DIV><FONT class="Apple-style-span" color="#0000DD"><BR class="khtml-block-placeholder"></FONT></DIV><DIV><FONT class="Apple-style-span" color="#0000DD"><BR class="khtml-block-placeholder"></FONT></DIV><DIV><FONT class="Apple-style-span" color="#0000DD">It's described in more detail here:</FONT></DIV><DIV><FONT class="Apple-style-span" color="#0000DD"><BR class="khtml-block-placeholder"></FONT></DIV><DIV><A href="http://www.gromacs.org/faq/index.php#1-4cut">http://www.gromacs.org/faq/index.php#1-4cut</A><FONT class="Apple-style-span" color="#0000DD"></FONT></DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>Cheers,</DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>Erik</DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV></BODY></HTML>