Dear gromacs users,<br>
I used the command&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; editconf -f input.pdb
-o output.gro &nbsp;&nbsp; to create the structure file. Comparing my
pdb file and my gro file, they are very similar, I mean, the gro file
is quite allright, because the coordenates are the same of the pdb file.<br>
<br>
But I have the following doubts... please first take a look&nbsp; on my short gro file generated with editconf.<br>
<br>
&nbsp;&nbsp; 24<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1BLGL&nbsp;&nbsp;&nbsp; C5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 0.334&nbsp;&nbsp; 0.177&nbsp; -0.798<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1BLGL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 0.470&nbsp;&nbsp; 0.168&nbsp; -0.846<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1BLGL&nbsp;&nbsp;&nbsp; C1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; 0.523&nbsp;&nbsp; 0.034&nbsp; -0.868<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1BLGL&nbsp;&nbsp;&nbsp; O1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; 0.653&nbsp;&nbsp; 0.044&nbsp; -0.915<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1BLGL&nbsp;&nbsp;&nbsp; C2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp; 0.435&nbsp; -0.041&nbsp; -0.970<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1BLGL&nbsp;&nbsp;&nbsp; O2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp; 0.478&nbsp; -0.175&nbsp; -0.982<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1BLGL&nbsp;&nbsp;&nbsp; C3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp; 0.285&nbsp; -0.037&nbsp; -0.929<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1BLGL&nbsp;&nbsp;&nbsp; O3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp; 0.206&nbsp; -0.093&nbsp; -1.031<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1BLGL&nbsp;&nbsp;&nbsp; C4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp; 0.237&nbsp;&nbsp; 0.106&nbsp; -0.898<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1BLGL&nbsp;&nbsp;&nbsp; O4&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp; 0.106&nbsp;&nbsp; 0.101&nbsp; -0.845<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1BLGL&nbsp;&nbsp;&nbsp; C6&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp; 0.302&nbsp;&nbsp; 0.328&nbsp; -0.777<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1BLGL&nbsp;&nbsp;&nbsp; O6&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp; 0.178&nbsp;&nbsp; 0.346&nbsp; -0.711<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1BLGL&nbsp;&nbsp;&nbsp; H5&nbsp;&nbsp; 13&nbsp;&nbsp; 0.327&nbsp;&nbsp; 0.127&nbsp; -0.700<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1BLGL&nbsp;&nbsp;&nbsp; H1&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp; 0.523&nbsp; -0.021&nbsp; -0.772<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1BLGL&nbsp;&nbsp; HO1&nbsp;&nbsp; 15&nbsp;&nbsp; 0.651&nbsp;&nbsp; 0.093&nbsp; -0.999<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1BLGL&nbsp;&nbsp;&nbsp; H2&nbsp;&nbsp; 16&nbsp;&nbsp; 0.445&nbsp;&nbsp; 0.008&nbsp; -1.069<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1BLGL&nbsp;&nbsp; HO2&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp; 0.421&nbsp; -0.218&nbsp; -1.048<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1BLGL&nbsp;&nbsp;&nbsp; H3&nbsp;&nbsp; 18&nbsp;&nbsp; 0.273&nbsp; -0.099&nbsp; -0.838<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1BLGL&nbsp;&nbsp; HO3&nbsp;&nbsp; 19&nbsp;&nbsp; 0.114&nbsp; -0.091&nbsp; -1.000<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1BLGL&nbsp;&nbsp;&nbsp; H4&nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp; 0.234&nbsp;&nbsp; 0.164&nbsp; -0.992<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1BLGL&nbsp;&nbsp; HO4&nbsp;&nbsp; 21&nbsp;&nbsp; 0.078&nbsp;&nbsp; 0.193&nbsp; -0.829<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1BLGL&nbsp;&nbsp; H61&nbsp;&nbsp; 22&nbsp;&nbsp; 0.380&nbsp;&nbsp; 0.373&nbsp; -0.715<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1BLGL&nbsp;&nbsp; H62&nbsp;&nbsp; 23&nbsp;&nbsp; 0.301&nbsp;&nbsp; 0.381&nbsp; -0.872<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1BLGL&nbsp;&nbsp;&nbsp; H6&nbsp;&nbsp; 24&nbsp;&nbsp; 0.165&nbsp;&nbsp; 0.440&nbsp; -0.701<br>
&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;  <br>
<br>
What are the three last numbers ( 0.00000&nbsp;&nbsp;
0.00000&nbsp;&nbsp; 0.00000 )??? What do they mean? Because I compared
this file with some others generated with the pdb2gmx command, and in
these cases the three last numbers are all different from zero! So I
really don´t know if my generated gro file is right.<br>
Thank you very much in advance,<br>
Fernando Mattio<br>