<HTML><BODY style="word-wrap: break-word; -khtml-nbsp-mode: space; -khtml-line-break: after-white-space; ">Hi Ken,<DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>Please try it with the released 3.3 version - we've ironed out quite a few bugs since the beta you're using. </DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>Also, any bugs reported against 3.3 the next week or so will be fixed almost instantly so we can release a more stable 3.3.1.</DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>Cheers,</DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>Erik</DIV><DIV><BR><DIV><DIV>On Oct 14, 2005, at 9:19 PM, Ken Rotondi wrote:</DIV><BR class="Apple-interchange-newline"><BLOCKQUOTE type="cite"><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Hello All,</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Okay, I'm going to scream. I've made up a .gro and .top file for a system I'm working on. I e-minimized and equilibrated the system successfully. I'm trying to start the run (using the same .top file I used in the set-up) and I receive a grompp error:</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">_______________________________________________</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Program grompp, VERSION 3.3_beta_20050202</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Source code file:<SPAN class="Apple-converted-space">  </SPAN>grompp.c, line: 427</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Fatal error:</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">number of coordinates in coordinate file (x.gro, 172177)</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><SPAN class="Apple-converted-space"><SPAN class="Apple-converted-tab">        </SPAN></SPAN>does not match topology (x.top, 0)</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">_______________________________________________</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Also lots of strange chatter in the output, such as:</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">' for variable ns-type, using 'Grid'</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Next time use one of: 'Grid' 'Simple'</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">There are 10 of these 'warnings' and in each case the variable used is one of the available variables.</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">The big problem is that the end of the .top file, quite clearly the [molecules] section shows 1 protein and 56926 SOL</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">I've checked all the input files in vi, they're all clean text</DIV></BLOCKQUOTE></DIV><DIV><FONT class="Apple-style-span" color="#0000DD"><BR class="khtml-block-placeholder"></FONT></DIV><DIV>Ah, that explains it. Gromacs is only compatible with emacs ;-)</DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>Cheers,</DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>Erik</DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV></DIV><DIV><DIV> <SPAN class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><DIV>-----------------------------------------------------------</DIV><DIV>Erik Lindahl  &lt;<A href="mailto:lindahl@sbc.su.se">lindahl@sbc.su.se</A>&gt;</DIV><DIV>Assistant Professor, Stockholm Bioinformatics Center</DIV><DIV>Stockholm University, SE 106 91 Stockholm</DIV><DIV>Phone: +46 8 5537 8564     Fax: +46 8 5537 8214</DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><BR class="Apple-interchange-newline"></SPAN> </DIV><BR></DIV></BODY></HTML>