dear users,<br>
<br>
I have to seek your help regarding the umbrella sampling using pull
code. I have checked about the thing and no answer came to my notice (
i'm sorry if I missed by chance). <br>
<br>
The question is I pull a group from another in order to calculate the
free energy with respect to distance between the two. the input
pull.ppa is given below,<br>
<br>
intially i use editconf to align my <br>
verbose&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = yes<br>
runtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = umbrella<br>
group_1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = tbr<br>
reference_group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = protein<br>
reftype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = com<br>
Skip steps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10<br>
pulldim&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = N N Y<br>
constraint_direction = 0.0 0.0 1.0<br>
constraint_distance1 = 1.0<br>
k1 = l500 ;kj/mol<br>
pos1 = 0.0 0.0 1.0<br>
<br>
intially i use editconf to align my&nbsp; group_1 along Z coordinate. i
know i have to do it before putting waters. but after minimization, the
direction changes again. now i cannot aling them again along a
particular space fixed X, Y or Z coordinate. <br>
<br>
what to do?<br>
<br>
2nd problem is that, if anyhow i manage to start the simulation by
aligning group_1 along any of X, Y or Z direction, after some time,
both the reference_group and the group_1 will start to tuble and thus
again the direction of alignment will change.<br>
<br>
&nbsp;to overcome the situation either i can use constraint to constrain the distance between group_1 and ref_group, <br>
<br>
but how to do that within umbrella sampling method?&nbsp; <br>
<br>
my third question is bit silly. how to modify the dynamic option within pull code which is not working ?<br>
<br>
thanking you all,<br>
-- <br>Arnab Mukherjee<br><br>