Hi,<br>
What do you mean when you said,<br>
Gromacs is compatible only with emacs...<br>
I use vi editor and I never had problems till now...<br>
Is it something about the new version or was it the case with previous versions too....<br>
<br>
Cheers,<br><br><div><span class="gmail_quote">On 10/14/05, <b class="gmail_sendername">Erik Lindahl</b> &lt;<a href="mailto:lindahl@sbc.su.se">lindahl@sbc.su.se</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Hi Ken,<div><br></div><div>Please try it with the released 3.3 version - we've ironed out quite a few bugs since the beta you're using.&nbsp;</div><div><br></div><div>Also, any bugs reported against 3.3 the next week or so will be fixed almost instantly so we can release a more stable 
3.3.1.</div><div><br></div><div>Cheers,</div><div><br></div><div>Erik</div><div><span class="q"><br><div><div>On Oct 14, 2005, at 9:19 PM, Ken Rotondi wrote:</div><br><blockquote type="cite"><div style="margin: 0px;">Hello All,
</div><div style="margin: 0px; min-height: 14px;"><br></div><div style="margin: 0px;">Okay,
I'm going to scream. I've made up a .gro and .top file for a system I'm
working on. I e-minimized and equilibrated the system successfully. I'm
trying to start the run (using the same .top file I used in the set-up)
and I receive a grompp error:</div><div style="margin: 0px; min-height: 14px;"><br></div><div style="margin: 0px;">_______________________________________________</div><div style="margin: 0px;">Program grompp, VERSION 3.3_beta_20050202
</div><div style="margin: 0px;">Source code file:<span>&nbsp; </span>grompp.c, line: 427</div><div style="margin: 0px; min-height: 14px;"><br></div><div style="margin: 0px;">Fatal error:</div><div style="margin: 0px;">number of coordinates in coordinate file (
x.gro, 172177)</div><div style="margin: 0px;"><span><span>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; </span></span>does not match topology (x.top, 0)</div><div style="margin: 0px;">_______________________________________________</div><div style="margin: 0px; min-height: 14px;">
<br></div><div style="margin: 0px;">Also lots of strange chatter in the output, such as:</div><div style="margin: 0px;">' for variable ns-type, using 'Grid'</div><div style="margin: 0px;">Next time use one of: 'Grid' 'Simple'
</div><div style="margin: 0px;">There are 10 of these 'warnings' and in each case the variable used is one of the available variables.</div><div style="margin: 0px; min-height: 14px;"><br></div><div style="margin: 0px;">The big problem is that the end of the .top file, quite clearly the [molecules] section shows 1 protein and 56926 SOL
</div><div style="margin: 0px; min-height: 14px;"><br></div><div style="margin: 0px;">I've checked all the input files in vi, they're all clean text</div></blockquote></div><div><font color="#0000dd"><br></font></div></span>
<div>Ah, that explains it. Gromacs is only compatible with emacs ;-)</div><div><br></div><div>Cheers,</div><div><br></div><div>Erik</div><div><br></div></div><div><div> <span style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px;">
<div>-----------------------------------------------------------</div><div>Erik Lindahl&nbsp; &lt;<a href="mailto:lindahl@sbc.su.se" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">lindahl@sbc.su.se</a>&gt;
</div><div>Assistant Professor, Stockholm Bioinformatics Center</div><div>Stockholm University, SE 106 91 Stockholm</div><div>Phone: +46 8 5537 8564&nbsp; &nbsp; &nbsp;Fax: +46 8 5537 8214</div><div><br></div><div><br></div><br></span> 
</div><br></div>
<br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list<br><a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">
http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to <a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">
gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Viswanadham Sridhara,<br>Graduate Research Assistant,<br>Old Dominion University, &quot;VIRGINIA&quot;.<br>