<br clear="all">Hello!!!<br>
<br>
I was trying to test Encad Force Field. I used <br>
<br>
pdb2gmx -f 1ENH.pdb&nbsp; <br>
<br>
After choosing force field 10, this error appears<br>
<br>
Opening library file /home/LEONARDO/FITO/bin/gmx_33/share/gromacs/top/aminoacids.dat<br>
Number of bonds was 953, now 953<br>
Generating angles, dihedrals and pairs...<br>
Before cleaning: 2494 pairs<br>
-------------------------------------------------------<br>
Program pdb2gmx, VERSION 3.3<br>
Source code file: pgutil.c, line: 87<br>
<br>
Fatal error:<br>
Atom H not found in residue 2 while adding improper<br>
<br>
-------------------------------------------------------<br>
<br>
I used other Protein and the same happens, but in a different residue.
Both have in common being a Proline residue. I am not sure if this is a
bug or i am doing something wrong.<br>
<br>
By the way, As I have read from levitt's protocols, ENCAD is used with
ATOM based nb interactions, and they use their own cutoff scheme, very
similar to B.BrooKs's Force shifted spherical cutoff. Is it posible to
use that protocols? How can be selected in a mdp file? I have not found
info regarding that.<br>
<br>
Thanks<br>
<br>
leonardo<br>