<br>
Hi Sebastien,<br>
<br>
You shouldn't have used the -missing option. This leaves the atom out,
leaving you with a broken leucine. Apparently the pdb file has missing
atoms. Before setting up a simulation from a pdb file, first look for
missing atoms and residues and fix these if present (or actually, if
not present ;)). The SwissPDB Viewer will conveniently add missing
atoms upon loading a pdb file. Missing residues will require a bit more
effort.<br>
<br>
The CA-CA2+ warning is ok, if these should be CA2+ that is. The
occupancy unequal to one warning notifies you that some residues are
present in different configurations. This is also not a problem. In
terms of MD it may be good to take both configurations as starting
points.<br>
<br>
Good luck!<br>
<br>
Tsjerk<br>